在转录组测序分析中，对于没有参考基因组信息的序列怎样进行注释，差异分析？？？

此外，在转录组结果分析中，转录本有没有通俗一点的解释，或者，转录本有没有一个固定的含义还是说不同情况下含义不同？？？

举报该问题

推荐答案 2014-03-28

转录本是一个基因序列通过一种剪切后所得的能RNA。以前说转录本都是说表达蛋白的。现在LncRNA的研究多了，也说是一个转录本了。还有没有参考基因组序列的，一般是不可能去GO功能注释的。因为去功能注释的时候要有一个背景。

温馨提示：答案为网友推荐，仅供参考

当前网址：http://66.wendadaohang.com/zd/UxsxvDipv2D2vU9s2D.html

第1个回答 2014-03-25

没有参考基因的话就拼接啊！组装后得到unigene在NR，SWISSPROT COG gO kegg等库注释。差异基因分析参照rpkm

相似回答

转录组测序5-基因差异表达分析答：转录组测序是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。上一期视频基因表达定量中,我们讨论了在cl...

如何进行转录组数据分析?答：然后你拼接序列啊，用Triity，拼好后可以进行blast比对，看有没有匹配。还可以用blast输出的文件做blast2go，得到GO号，做GO的注释，KEGG pathway分析。还有进行差异表达基因的分析分等等，我现在说的是没有参考基因的转录组数据处理。还有有参考基因的，那个不用从头组装，把你的序列和参考基因比对就行。

全转录组测序可以选近缘物种作为参考基因组吗答：对于有参考基因组的物种，可以分析基因组信息，统计编码基因的个数，及其碱基数，从而估计物种转录组的大小，另外可以查询相关或相近物种转录组研究的文献，作为参考。对于无参考基因组的物种则只能参考相近物种的转录组大小。转录组测序所需的测序量随研究目的的不同而有所差异。目前，为保证数据分析结果的...

无参考基因组无转录组cdna序列,怎么找基因答：上调或下降。先要有转录组或是基因组才可以做表达谱，否则没有Ref做参考。转录组测序和表达谱其实都是通过高通量测序技术进行的，转录组测序主要是针对没有参考基因组（即基因组未完成测序）的物种，侧重于获得你材料的全部转录组信息；而表达谱则侧重于检测各个基因的表达量。

转录组分析5——差异表达分析答：• 这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。• 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。• 测序深度：同一条件下，测序深度越深，基因表达的read读数越多。• 基因长度：同一条件下，不同的...

转录组入门(7):差异表达分析答：但是 ,高通量测序(HTS)的read count普遍认为是服从泊松分布(当然有其他不同意见),不可能直接用正态分布的 t检验和方差分析。当然我们可以简单粗暴的使用对于的 非参数检验的方法,但是统计力不够,结果的p值矫正之估计一个差异基因都找不到。老板花了一大笔钱,结果却说没有差异基因,是个负结果,于是好几千经...

大家正在搜

转录组测序和基因组测序基因组和转录组的异同基因组转录组蛋白组进展基因组转录组蛋白质组基因组和转录组的关系基因组与转录组的优缺点基因组水平和转录组水平的区别基因组转录组蛋白组机构宏基因组和宏转录组的优缺点

如何从转录组测序结果中找差异基因进行qrtpcr

如何进行转录组数据分析？

外显子捕获测序和转录组测序分析有什么不同

转录组测序和表达谱测序的区别是什么

已经有转录组测序结果，怎么看是否含有某个基因？

转录组测序流程步骤是哪些?

转录组测序和表达谱测序的区别是什么？

illumina rnaseq 转录组测序进行聚类分析时的参...