全转录组测序可以选近缘物种作为参考基因组吗

如题所述

第1个回答 2017-08-07

转录组测序前，需要对物种转录组的大小进行评估，评估方法如下：
对于有参考基因组的物种，可以分析基因组信息，统计编码基因的个数，及其碱基数，从而估计物种转录组的大小，另外可以查询相关或相近物种转录组研究的文献，作为参考。对于无参考基因组的物种则只能参考相近物种的转录组大小。
转录组测序所需的测序量随研究目的的不同而有所差异。目前，为保证数据分析结果的可靠性和准确性，推荐转录组测序采用最低4Gb clean data进行后续分析，如果想检测到低丰度的转录本推荐采用8Gb clean data。本回答被提问者采纳

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