已经有转录组测序结果，怎么看是否含有某个基因？

Question

已经有转录组测序的完整结果，但是不知道怎么确定该植物是否含某个基因。查出来该基因的序列，要与测序结果中的所有序列一条条比对吗，工作量好大

Answer 1

是有参考基因组的还是de novo的结果，如果有参考基因组的，那么可以通过这个基因名称在注释结果中查找是否有这个基因，序列信息需要在参考基因组中查找，如果是没有参考基因组的，那么拼接结果是一个fasta格式的文件,可以用blast软件进行比对。

Answer 2

用基因探针，可配对既含有某基因

Answer 3

貌似 木有什么工作量吧 就是一个比对而已

Answer 4

有专门的软件，你找你们老师一问就知道了，非常简单的。