转录组分析5——差异表达分析

如题所述

第1个回答  2022-06-17
• 现在常用的基因定量方法包括:RPM, RPKM, FPKM, TPM。
• 这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个
数值表示,以便于后续差异分析。
• 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差:测序深度和基因长度。
• 测序深度:同一条件下,测序深度越深,基因表达的read读数越多。
• 基因长度:同一条件下,不同的基因长度产生不对等的read读数,基
因越长,该基因的read读数越高。
https://mp.weixin.qq.com/s/KSMzgKBlgF2qIadME5nWhw

对于泊松分布而言,其均值和方差是相等的,但是我们的
数据确不符合这样的规律。
紫色实线是泊松分布的拟合结果。
橙色实线是负二项分布的拟合结果。 (DESeq2)
橙色虚线是 edgeR 软件的拟合结果。
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