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全转录组测序结果分析
转录组
数据
分析
RNA-seq
答:
将质量控制后的读段与参考基因组或
转录
本数据库比对,以确定它们的位置。3.定量
分析
:统计每个基因的读段数,通常表达为FPKM(每千个碱基的片段数每百万映射读数)或TPM(每百万转录本的片段数)等标准化指标,以消除基因长度和
测序
深度的影响。4.差异表达分析:使用统计模型比较不同条件或组别之间的基因...
全转录组测序
构建HPH大鼠ceRNA调控网络
答:
1、
全转录组测序结果
初步分析 对来自HPH大鼠和对照大鼠肺部的6个样品进行全转录组测序。数据标准化后,六个样品的circRNA、miRNA、mRNA的数据集分布几乎相同(图1 A),差异
分析结果
显示,HPH组与对照组相比,共鉴定到15个差异circRNA(11个上调,4个下调)、9个差异miRNA(7个上调,2个下调)和212个差异...
转录组测序
5-基因差异表达
分析
答:
转录组测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集
分析
,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
转录组
学
分析
流程
答:
1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行
转录组测序
,得到双端测序数据。 数据原始格式为 .fq ,共有12条测序数据文件(每个样本产生两条)2. 测序数据质量评估 利用fastQC软件对获得的fastq序列文件进行质量
分析
,生成html格式的
结果
报告,...
转录组
学
分析
流程
答:
转录组包括mRNA、非编码RNA(ncRNA)、核糖体RNA(rRNA)等。
转录组测序关注特定细胞在特定状态下的RNA总和,包括mRNA和ncRNA
。转录组具有时间、组织、空间特异性。若物种有高质量基因组序列且比对效率高,可采用有参分析;否则,采用无参策略进行转录本组装,构建unigene库,继续后续分析。转录组测序适用于...
全转录组测序
可以选近缘物种作为参考基因组吗
答:
作为参考。对于无参考基因组的物种则只能参考相近物种的转录组大小。
转录组测序
所需的测序量随研究目的的不同而有所差异。目前,为保证数据
分析结果
的可靠性和准确性,推荐转录组测序采用最低4Gb clean data进行后续分析,如果想检测到低丰度的转录本推荐采用8Gb clean data。
转录组分析
(3) - 质量控制
答:
一般基因组的GC含量有一个理论值,例如人类基因组的GC含量一般在40%左右。因此,如果发现GC含量的图谱明显偏离理论值,说明
测序
过程存在较高的序列偏向性,
结果
就是基因组中某些特定区域被反复测序的几率变高,这些区域的测序深度远高于平均测序深度,这将会影响下游的变异检测和CNV
分析
。这个图横轴是read上...
什么是
转录组分析
?
答:
转录组
分析
指对细胞内所有转录产物的集合的分析。转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。
转录组测序
一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高...
全长
转录
本的鉴定
答:
全长
转录组测序
(Isoform-sequencing,Iso-seq)基于PacBio单分子实时测序技术(SMRT cell),凭借超长读长的优势,建库过程中无需打断RNA分子,直接对反转录的全长cDNA测序,得到从5’末端到3’PolyA尾的高质量全长转录本序列,且目前其CCS模式可以达到超高的准确率,可用来进行转录本鉴定、融合基因、可变...
转录组
学
分析
的流程?
答:
数据分析:对
测序
数据进行生物信息学分析。这包括数据预处理、比对到参考基因组或
转录组
的序列、表达量计算、差异表达基因分析、功能富集分析、聚类和表达模式分析等。结果解释和验证:解释
分析结果
并进行验证。这可能涉及到进一步的实验验证,如实时定量PCR(qPCR)验证差异表达基因;或进行功能实验验证,如基因...
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