法律分析：不合法。用人单位在职工入职的三十天内，必须为员工缴纳社会保险，三个月后在缴纳社保的做法肯定是不合法的，也是违反社保法的，但是由于这种违法的成本比较低，加之部分执法部门的不作为或者是懒政、惰政，导致执法不严，有法不依情况时有发生，加之当地从稳定就业，支持中小企业发展的实际情况出发，采取睁一只眼，闭一只眼的态度，久而久之，三个月后再缴纳社保，也就成了很多企业的潜规则，或是一条不成文的规定，从不合法变成了相对合法。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。