行政诉讼中能申请管辖权异议。如果法院已经受理案件，被告应当在收到起诉状副本之日起的十五日内提出管辖权异议。在法院审查后，如果认为异议成立的，应将案件移送给有管辖权的人民法院；异议不成立的，则裁定驳回。
【法律依据】
《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国行政诉讼法〉的解释》第十条
人民法院受理案件后，被告提出管辖异议的，应当在收到起诉状副本之日起十五日内提出。
对当事人提出的管辖异议，人民法院应当进行审查。异议成立的，裁定将案件移送有管辖权的人民法院；异议不成立的，裁定驳回。
人民法院对管辖异议审查后确定有管辖权的，不因当事人增加或者变更诉讼请求等改变管辖，但违反级别管辖、专属管辖规定的除外。
第十一条
有下列情形之一的，人民法院不予审查：
（一）人民法院发回重审或者按第一审程序再审的案件，当事人提出管辖异议的；
（二）当事人在第一审程序中未按照法律规定的期限和形式提出管辖异议，在第二审程序中提出的。
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