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全转录组测序结果分析
空间
转录组
技术的应用
答:
应用领域:一、肿瘤生物学:1.肿瘤微环境研究:空间
转录组
学可以揭示肿瘤和周围微环境之间的相互作用,帮助理解不同细胞类型在肿瘤进展中的作用。2.异质性
分析
:揭示肿瘤内部的细胞异质性,理解不同细胞克隆之间的空间分布。二、发育生物学:1.细胞命运决定:研究在发育过程中细胞如何根据它们的空间位置做出...
高通量
测序
的技术应用
答:
比如在基因组水平上对还没有参考序列的物种进行从头测序(de novo sequencing),获得该物种的参考序列,为后续研究和分子育种奠定基础;对有参考序列的物种,进行全基因组重测序(resequencing),在全基因组水平上扫描并检测突变位点,发现个体差异的分子基础。在转录组水平上进行
全转录组测序
(whole ...
常规
转录组测序
和数字基因表达谱测序(RNA-seq)有什么不同?初接触,很多...
答:
不同之处在于
测序
的模板序列,前者是直接随机测序cDNA库,后者是先把模板按照一定方法打断(例如酶切或其他),只从打断位置开始测序,测序片段短,但相应深度更高。如果你已经有参考基因组,使用所谓“表达谱”测序是可以的。此外,表达谱方法更便宜,但个人觉得适用性不如
转录组
广泛,可做的
分析
有限。
如何预测和鉴定miRNA的靶基因
答:
6. 通过qPCR或新一代
测序分析
分离出的RNA,鉴定出特定miRNA的靶标mRNA。Sigma-Aldrich的MISSION Target ID cDNA文库让研究人员能够在实验室内开展
全转录组
范围的miRNA和ncRNA靶基因鉴定。它是个全转录组范围的cDNA文库。在文库转染和选择之后,细胞被已知miRNA转染。对于那些包含与miRNA相互作用的cDNA的细胞...
Week31 — scRNA-seq
分析
克隆体细胞内的单等位基因模式
答:
因此认为大部分aRME在单细胞中是短暂出现的,分散在体细胞群,而不是局限在克隆相关的斑块。几个重要的概念:主要
结果
:随机选取单个成纤维细胞或单克隆扩增后用Smart-seq2进行单细胞
转录组测序
,最终选取了7个克隆(图a)。总共检测到10,702个基因表达(RPKM>1),有82%的基因具有菌株特异性的SNPs。然...
高通量
测序
原理及技术应用
答:
此外,高通量
测序
技术还支持
转录组分析
,这基本上是针对一个物种的所有基因的研究。另一个应用是在生物信息学中,通过分析大量的DNA数据,生物学家可以进行DNA序列比对、新基因的发现、疾病的诊断等。第三段:高通量测序技术的未来 高通量测序技术正在快速发展,这也意味着未来将有更多尖端的应用出现。例如...
如何研究一个基因的功能?
答:
用以研究甲基化水平高低对某种疾病的作用,从而找到相对关联RNA水平就可以考虑RNA甲基化水平或者RNA与蛋白之间的互作关系,比如5mC,m6A,MIRIP等当然还可以通过转录组测序
分析
整体的
结果
,比如miRNA-seq,mRNA-seq,
全转录组测序
,通过筛选出靶基因然后进行下游验证。细胞功能试验如基因敲除后的cck8,transwell...
第二代DNA
测序
技术的操作流程
答:
但是只有通过这一步前面的工作才显得有意义。
测序
得到的原始数据是长度只有几十个碱基的序列,要通过生物信息学工具将这些短的序列组装成长的Contigs甚至是整个基因组的框架,或者把这些序列比对到已有的基因组或者相近物种基因组序列上,并进一步
分析
得到有生物学意义的
结果
。
全外显子
组测序
是不是都会发现基因突变
答:
外显子捕获测序只针对基因组上已知的编码区,而
转录组测序
不仅针对基因组上已知的编码区,还能够检测非编码RNA等转录组的信息。 (2)
分析
的手段所有不同。外显子捕获测序只需要把
测序结果
比对基因组,分析序列差异。转录组测序既可以把测序结果比对基因组,也可以进行从头(de Novo)拼接。 (3...
为什么人类的rna
测序结果
映射到小鼠基因组
答:
为什么人类的rna
测序结果
映射到小鼠基因组
转录组
学的研究对象包括mRNA和非编码RNA等。新一代高通量测序技术可以全面快速地获得特定细胞或组织在某一个状态下几乎所有转录本的序列信息和表达信息,从而准确地
分析
基因表达差异、基因结构变异、筛选分子标记(SNPs或SSR)等生命科学的重要问题。 基因表达谱测序...
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