法律分析：员工擅自离职用人单位应当结清工资，但劳动者应赔偿损失。
劳动者擅自离职，指劳动者根据用人单位和自身情况擅自离职，而强行解除与用人单位的劳动关系的一种行为。因辞职或要求解除合同未准，擅自离职或违约出走；未说明原因不辞而别；受优厚待遇诱惑擅自“跳槽”等均属擅自离职，属于违法解除合同，按《劳动合同法》第九十条、劳动部《关于实行劳动合同制度若干问题的通知》（劳部发〔〕354号）第18条规定，造成用人单位损失的，应当承担赔偿责任。
工资是用人单位依据劳动合同的规定，以各种形式支付给劳动者的工资报酬，按劳动部《工资支付暂行规定》第九条规定，用人单位应当按劳动者出勤结清工资。结清工资和赔偿损失应当分别计算、合并结算。
法律依据：《劳动合同法》第九十条 劳动者违反本法规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
《工资支付暂行规定》第九条 劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。