这在法律上没有明确，主要在用人单位掌握。如果是少量的可以不剔除
加班费，如果是数额较大会剔除加班费，一般是不计算加班费的。
《
劳动合同法实施条例》
第二十七条 劳动合同法第四十七条规定的经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在
劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地
最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。劳动者工作不满12个月的，按照实际工作的月数计算平均工资。
案例：
陈某于2012年9月1日进入上海某网络科技公司工作，双方签订了2年的劳动合同。由于工作性质原因，陈某在日常工作中经常存在加班情况。公司均按法律规定支付加班工资。2014年8月31日双方劳动合同到期，公司决定不与陈某续签劳动合同，并支付陈某两个月的
经济补偿金。陈某对于公司在补偿金计算中剔除加班费存在异议，与公司交涉无果后，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司足额发放经济补偿金。
争议焦点：
本案的焦点为：经济补偿金的基数如何确定?
陈某认为：经济补偿金基数应当将其劳动合同终止前12个月的所有工资性收入计算在内，包括加班工资。
公司方认为：公司方在计算陈某的经济补偿金基数时按其劳动合同终止前12个月的所有正常工作时间的工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入计算，但不计入加班费，符合法律规定。
裁判结果：
劳动争议仲裁委员会审理后认为：合同到期后用人单位不与陈某续签劳动合同，致使双方劳动合同终止，用人单位应根据《劳动合同法》的规定支付劳动合同终止的经济补偿金。用人单位已根据法律规定支付陈某两个月的经济补偿金，现陈某要求用人单位计算经济补偿金基数时应将加班工资计算在内，补足经济补偿金的请求于法无据，不予支持。