土壤中常带有病菌孢子、害虫虫卵及杂草种子等，因此配制好的培养土需要进行消毒，以消灭病菌、害虫等。家庭养花常用的简便消毒方法有：
（1）日光消毒法。将配置好的培养土放在清洁的水泥地或木板上薄薄地摊开，曝晒2～3天。如在夏季曝晒可以杀死大量病菌孢子、菌丝和害虫卵以及线虫。
（2）加热消毒法。用蒸煮、高压加热和蒸气加热等。只要加热至80～100℃，持续30～60分钟，就可以达到消毒的目的。但加热时间不宜持续太长，否则会杀灭能够分解肥料的有益微生物，因而妨碍花卉的正常生育。没有加热设备的，可将配置好的培养土放入铁锅里，放在火上炒约20分钟也能收到消毒的效果。
（3）药剂消毒法。在每立方米培养土中均匀撒上福尔马林400～500毫升加水50倍的稀释液，然后把土堆积，上盖塑料薄膜；密闭48小时后去掉覆盖物并把土摊开，待福尔马林气体完全挥发后便可使用。消毒时要戴上口罩和手套，防止药物吸入口内和接触皮肤。
营养土消毒。一是用福尔马林消毒。用100倍的福尔马林喷洒苗床，拌匀后堆成堆，用塑料薄膜覆盖闷2～3天，然后揭开薄膜，经7～14天，土壤中的药气散尽后使用。福尔马林消毒可防治猝倒病和菌核病。二是用代森铵消毒。用50%代森铵水剂，加水稀释200～400倍，浇灌在床土上，每平方米床土浇药液2～4千克，可防立枯病。
详情营养土消毒。一是用福尔马林消毒。用100倍的福尔马林喷洒苗床，拌匀后堆成堆，用塑料薄膜覆盖闷2～3天，然后揭开薄膜，经7～14天，土壤中的药气散尽后使用。福尔马林消毒可防治猝倒病和菌核病。二是用代森铵消毒。用50%代森铵水剂，加水稀释200～400倍，浇灌在床土上，每平方米床土浇药液2～4千克，可防立枯病。
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