目前共有6种方法。
（1）氯化苦消毒法氯化苦对所有土壤传播的病虫害均有防治效果，对防治枯萎病效果更佳。氯化苦的使用适温是15～20℃，而且营养土应当稍湿润。用药前先将营养土堆成30厘米高的土方，长宽没有限制，在土堆上表面每隔30厘米距离钻一小孔，小孔的纵横距离相等，孔深10～15厘米。向每个孔中注入5毫升氯化苦，立即封死小孔。第一层营养土的药加完后，再在其上堆放同样厚度的营养土，注药方式同上，如此可以堆放多层营养土。最后，用塑料膜封闭土堆，大约7～10天（夏季可以时间短一些，冬季适当长一些），撤走封闭用膜，通过翻堆使药味全部挥发，7～10天才可使用，否则易出现抑制生长的药害。用药时，氯化苦会对人产生窒息性药害，为此更应当注意安全操作。（2）多菌灵消毒法用50%多菌灵可湿性粉剂500倍溶液喷洒营养土，每立方米营养土用药量25～30克。可以防治白粉病、菌核病等多种真菌性病害。（3）福尔马林消毒法每立方米的营养土喷洒200～250克左右100倍的福尔马林溶液（40%甲醛），可以有效地防治炭疽病、枯萎病、猝倒病和菌核病。具体方法是把营养土铺开后将药液喷洒上去，充分拌匀，再堆积起来，覆盖塑料薄膜封闭3～5天，然后打开薄膜把营养土摊开，晾晒7～14天即可使用。（4）溴甲烷消毒法能防治土壤传播的病害、烟草花叶病毒、线虫等，对防治黄瓜疫病有特效，对镰刀菌效果稍差。处理方法是先把营养土堆成30厘米高长条土堆，整平表面，宽度以能扣上小拱棚为宜。在土堆之间置放一个盆，盆中置一小钵，小钵中放入溴甲烷，然后用带孔的盖子盖上小钵。然后，营养土堆上覆盖塑料小拱棚，塑料膜的四周用土封死，使挥发的溴甲烷气体往营养土中扩散。每立方米营养土用溴甲烷100～150克封闭处理10～15天后撤掉塑料薄膜，通过翻堆使药味全部挥发2～3天即可使用。（5）物理消毒法包括蒸汽消毒营养土和微波辐照土壤。欧美和日本常用蒸汽消毒营养土，用于防治猝倒病、立枯病、枯萎病、菌核病、黄瓜花叶病毒病等，并且防治效果明显。如荷兰用蒸汽把土温提高到90～100℃，处理营养土30分钟左右。蒸汽消毒速度快，无农药残留。
微波消毒是用微波辐照土壤，可以杀灭病菌和病害中心，如美国研制出了由功率30千瓦的高波发射装置和微波发射板组成的微波消毒机，机具推进速度是0.2～0.4千米/小时，是一种行走式的微波消毒机，工作效率很高。（6）高温发酵消毒法在高温夏季，把床土、圈肥、秸秆分层堆积，每层15厘米厚，土堆底直径3～5米，高2米，成馒头形状，外面抹一层泥，上面留一个口，从口中倒入一定量的人粪尿、淘米水等，封闭小口。通过自然发酵产生高温，杀灭残存的害虫和病原菌。40～50天后刨开土堆即可使用。
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