土壤常用的消毒方法有蒸煮消毒法、福尔马林消毒法以及二硫化碳消毒法等。蒸煮消毒法是把已配制好的栽培用土，放入适当的容器中隔水在锅中蒸煮消毒。这种方法只限于小规模栽培、少量用土时应用。此外，也可将蒸气通入土壤进行消毒，要求蒸气温度在100℃～120℃之间，消毒时间40～60分钟，这是最有效的消毒方法；福尔马林消毒法是在每立方米栽培用土中，均匀喷撒40%的福尔马林400～500毫升，然后把土堆积，上盖塑料薄膜。经过48小时后，福尔马林化为气体，除去薄膜，摊开土堆即可。二硫化碳消毒法则是先将培养土堆积起来，在土堆的上方穿几个孔，每100米3土壤注入350克二硫化碳，注入后在孔穴开口处用草秆等盖严。经过48～72小时，除去草盖，摊开土堆，使二硫化碳全部散失即可。