表示原始测序数据，与clean reads相对应。
clean reads
clean reads是在raw reads基础上经过一定条件过滤后的数据。
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。
转录组测序与基因表达谱的区别
转录组测序技术
把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等用高通量测序技术把它们的序列测出来。全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。反映出它们的表达水平。
基因表达谱
通过构建处于某一特定状态下的细胞或组织的非偏性cDNA文库,大规模cDNA测序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群体组成,从而描绘该特定细胞或组织在特定状态下的基因表达种类和丰度信息，这样编制成的数据表就称为基因表达谱。