事业单位的重新分类，理顺政事关系，完善事业单位人事制度。
我国行政事业单位预算管理中存在的主要问题：
一、预算管理意识薄弱，组织机构设置简单；人员配备不足，缺乏对预算工作重要性的认识：
首先，由于一直以来受传统观念的影响，事业单位的预算体制仍然没有完全摆脱“前预算时代”，离现代公共预算尚有相当差距。特别是“长官意志”、非制度化、非公开化和公共责任的缺失等问题依然突出。一些部门和单位对部门预算的认识和重视程度不够，缺乏“先有预算、后有支出，没有预算、不得支出”和“安排打酱油的钱不能用于买盐”的预算管理理念，预算约束观念淡薄。导致财政资金使用效率低下。这一问题在事业单位中是普遍存在的问题，制约着单位预算工作质量的提高。产生这一问题的原因，主要是由于领导对于预算管理的重要性缺乏认识，单位的预算机构形同虚设，只是空有其表，单位在实际进行日常收支活动时，根本不按照编制的预算执行。传统的预算通常采用基数加因素调整的方法，部门经费完全由基期的相关数据决定，而不是根据部门项目情况，人员配备情况来进行合理的安排，这样做只能使“贫富差距”加大，不能适应部门的发展需要。
其次，事业单位预算管理部门在编制预算时，存在不科学和不切实际的问题，简单地为获取预算结果而编制预算，而对于预算执行情况的关注却较少，使得预算编制部门难以调动各个职能部门积极参与预算，更没有条件对预算项目进行必要的调研、论证。这样的预算往往与实际有很大差异，使预算管理失去了应有的作用。
二、预算编制时间短,方法简单；预算编制准备不充分：
首先,预算编制时间短,准备不足。行政事业单位的预算管理是一个系统工程,而预算编制作为整个预算管理的起点,是其中最重要的一个环节,需要各部门和人员的积极参与,广泛地进行调研论证,接受多方面的监督,应该具有必要的严谨性和权威性。然而,目前行政事业单位预算编制基本上是由财务部门负责,编制时间不足2个月,时间紧,工作量大,财务人员无法调动各部门的参与积极性,对编制预算缺乏必要的调查研究和认证,闭门造车,编制的预算比较笼统,预算质量不高。
其次,预算编制方法简单,质量粗糙。尽管零基预算法编制预算已推行多年,即取消往年的基数,按照预算年度所有因素和事项的轻重缓急程度,结合财力可能,重新测算安排本单位和部门的预算。但是从目前的实际情况来看,零基预算仍难以落到实处。很多行政事业单位还习惯于“上年基数+本年调整”的老方法,不以单位或部门的实际情况为基础来确定安排预算,凭既往经验和主观理解来进行编制,结果与实际情况相差甚远,难以将预算分解到各部门执行,导致执行过程中经常出现调工作交流整、追加预算的现象,影响预算执行必要的刚性。
再次，财务收支预算是单位综合预算中的一个部分，它以单位总体目标为前提，以经营预算、行政预算、事业预算为依据，牵涉的部门多，时间跨度长。因此，在编制财务预算时应由相关部门组成预算编制小组，充分考虑宏观环境、现实任务等因素，分析预算实现的可能性和难度。但是目前编制财务预算通常仅仅就一个财务部门的工作，编制时间也不足两个月。这样，无法充分调动各职能部门积极参与预算，也无足够的时间对预算项目进行必要的调研，这样的预算只能依据上年数据编制，往往与实际相距甚远。
三、预算执行不力,随意现象严重：
首先,由于考核意识不强、考核指标不明确等原因,行政事业单位的预算项目结束之后,普遍缺乏对预算执行情况的科学分析、控制、考核和评价,资金投向是否正确、资金使用效益如何、有无超预算支出等等问题得不到足够重视,对下一期预算的编制、执行没有指导作用和参考价值,弱化了预算应有的职能。
其次,由于很多单位未实行预算执行的激励机制和责任追究机制,没有将预算执行情况与员工的绩效挂钩,预算执行缺乏应有的约束力,预算执行过程中随意改变资金用途,资金使用效益降低,浪费现象严重。虽然有些单位也具备相应的考核体系,但缺乏科学性与规范性,大多只是走走形式,对预算执行未能形成真正的约束力。
再次，对资金的管理。一是职工借用公款没有及时催收形成呆账;二是对有偿资金不及时清算形成坏账。年终清理结算和财务结账。一是会计部门和财产管理部门没有按有关规定，对各项物资进行清理盘点，致使盘盈、盘亏资产不能及时查明原因，按规定做出处理，调整财务，从而导致账实不符。二是没有按规定进行年终结账。检查中发现部分单位没有按新财务制度的规定，将收入支出账户的余额全部转入"结余"账户，而是仍沿用旧的账务处理方法，将本年度结余虚列支出转入存款，造成本年度内收支不实。
四、缺乏行之有效的监督机制,控制体系不健全：
从目前的实践情况来看,部分行政事业单位对预算管理还缺乏行之有效的监督管理机制。没有一套完整、有效的组织体系支持全面预算的实施。支出预算分配模式及管理体制仍停留在粗放型水平，管理体制尚未理顺，由此在支出管理上与监督考核方面缺乏强有力的控制与行之有效的约束机制和激励机制。同时经费使用的社会效益如何，也缺乏系统考核机制，从而增加了经费使用的随意性。
首先,行政事业单位内部缺乏预算管理的监督管理机构,对预算进行全过程、全方位的监管。虽然有些单位也设立了相应部门,但其对于整个预算过程的检查频率和深度不能与行政事业单位预算管理的要求相适应,而且检查方式多为专项检查,头痛医头,脚痛医脚,缺乏系统、动态、连续的监督管理,使得监管效果大大下降。
其次,由于行政事业单位在国民经济中的特殊性,需要接受各方的监督和评价,保证其预算管理的公开公正,检验预算有无真正落到实处,防止滋生腐败。然而,目前对行政事业单位预算的管理情况还缺乏相应的外部监督评价机制。另外,即使接受了外界的意见,也不能在第一时间及时调查处理,并及时反馈,处理机制不够健全。
我国事业单位管理体制改革的措施
事业单位管理体制改革是一项复杂而庞大的系统工程。2010年《政府工作报告》明确指出，我国2010年的主要任务之一是要按照政事分开、事企分开和管办分离的要求，在科学分类的基础上，积极稳妥推进事业单位改革。为保证改革的顺利实施，针对目前我国事业单位管理体制存在的矛盾和问题，应从以下几个方面采取措施：
1.事业单位的重新分类。科学分类是实施有效治理的基础。传统的事业单位分类方法主要是按照行业分类、按照经费分类、按照级别分类、按照隶属关系以及按照经济成分分类等，改革开放后，伴随着经济体制改革、政治体制改革和社会转型，我国产生了多种新类型的事业单位，以前的分类方法不再适用。
近年来，许多学者和领导都对事业单位的重新分类进行了深入思考。黄恒学教授将我国事业单位重新定位为现代事业组织，他认为，所谓现代事业组织，是指在现代市场经济条件下，依法设立，不以营利为目的，拥有独立资产，面向社会自主从事准公共产品生产经营活动的社会基本组织形式。{3}国家发展和改革委员会经济体制综合改革司司长范恒山认为事业单位可分为三类：一是直接承担政府行政职能、为政府服务的事业单位，主要从事的是监管、资质认证、质检、鉴证及机关后勤服务等类的活动；二是承担公共事业发展职能、为社会服务的事业单位，主要从事的是科教文卫等社会事业和与公共基础设施建设、公用事业服务相关的活动；三是承担着中介沟通职能、为市场和企业服务的事业单位，主要从事的是咨询、协调一类的活动。{4}按照事业单位所承担的社会功能，中央机构编制委员会办公室副主任黄文平将其划分为承担行政职能的、从事公益服务的和从事生产经营活动的三大类。{5}丁茂战教授将其分为四种基本类型：行政执行类、纯公益类、准公益类和生产经营类。中央机构编制委员会办公室事业单位登记管理局副局长左然将其分为行政类、行政与公益混合类、公益类、经营类等四类。
在吸收理论研究成果的基础上，笔者认为，根据事业单位所承担的社会功能的不同，可将我国目前的事业单位分为行政执行类事业单位、社会公益类事业单位和生产经营类事业单位三种基本类型，其中社会公益类事业单位又可分为纯公益类事业单位和准公益类事业单位。纯公益类事业单位主要是指依法承担或经政府授权为全社会提供纯公共产品，实现社会公共需要和国家长远利益，个人消费不具有竞争性和排他性的事业单位。如义务教育、基础性研究、基本医疗卫生服务、公益性文化等机构都属于纯公益类事业单位。准公益类事业单位是指依法承担或受政府授权为部分社会群体提供准公共产品，部分群体的受益与实现公共需求和公共利益基本一致，但个人消费具有一定程度的排他性和竞争性的事业单位。如非义务阶段的教育机构、文化艺术单位、城市公用单位等。{6}对于行政执行类事业单位，只允许政府主办，经费来源完全靠财政拨款，有执法收费的单位要严格执行“收支两条线”的经费管理形式，严禁收支挂钩，行政性收费和罚没收入要全额上缴财政，人员经费和事业经费列入财政预算，其改革方向是与国家机关合并。对于生产经营类事业单位，则要将其推向市场，使其市场化、商业化。因此，改革的重点应是社会公益类事业单位。
2.理顺政事关系，重塑政府部门与事业单位的关系模式。立足政事分开原则，合理划分事业单位职能和明确政府职责是事业单位人事制度改革的重要前提。首先，要明确政府部门与事业单位的职能分工。作为举办主体的政府部门应有所为、有所不为，对于只有由政府举办才能实现社会福利最大化的绝大多数纯公益事业以及相当一部分准公益事业，政府应当积极举办；对于生产经营类事业单位，政府应将这部分事业单位推向市场，由社会力量和个人力量为主渠道来进行举办，使其实现市场化、商业化，政府只对其进行鼓励和扶持。其次，应调整政府部门与事业单位的财务关系。根据事业单位所承担的社会功能的不同，分类理顺政府部门与事业单位之间的财务关系。对于行政执行类事业单位，政府提供完全的财政支持；对于纯公益类事业单位，由于这类事业单位所提供的服务代表社会共同利益和长远利益，原则上不能用市场机制去调节，因此，政府要提供该类事业单位的发展经费；对于准公益类事业单位，则根据其能够市场化的程度来确立相应的政府补偿机制；对于完全可以市场化、商业化的生产经营类事业单位，政府应完全放手交由市场机制来调控。第三，政府部门与事业单位应建立合同契约关系来取代之前的隶属关系。通过建立这种合同契约关系，将政府对事业单位的大包大揽变为政府社会双向约束事业单位。对于由政府举办的事业单位，政府要积极行使其在产权、财权、领导任免权等方面的职能权力，同时建立科学合理的评价体系，强化对事业单位的责任约束；对于非由政府举办的事业单位，要依法赋予这些事业单位应有的自主权，使其成为在制度约束下自主运营、自我发展的独立法人实体。按照政事分开的原则，真正实现事业单位在市场经济条件下的主体地位。
减少政府部门对事业单位的直接干预，下放管理权限，适度借鉴或参考国外公共服务体系建设的有益经验，建立与中国社会主义市场经济体制以及各项社会事业自身发展规律相适应的现代事业制度，以达到事业举办主体多元化、公共服务资源配置社会化、公立事业组织相对独立化、事业单位人事制度科学化、事业监督管理体系有效化的理想状态。
3.完善事业单位人事制度。2000年《深化干部人事制度改革纲要》颁布实施以来，干部人事制度改革在许多方面都取得了重大进展。针对改革过程中出现的种种问题，应从以下几个方面来完善事业单位人事制度：（1）继续推行以聘用制和岗位管理制为重点的事业单位用人制度。将固定化的用人制度转变为契约化的用人制度，努力实现人事制度由传统的身份管理向岗位管理转变，积极促进市场机制在事业单位人才资源配置方面发挥基础性作用。深化以聘用制度和岗位管理制为重点的事业单位用人制度，是从根本上改变事业单位机构臃肿，人浮于事，缺乏生机与活力局面的重要手段之一。（2）建立健全符合事业单位特点的人事监督制度和宏观管理制度。加强对事业单位人事工作的监督和宏观管理，一方面可以保证事业单位在国家法律法规所规定的范围内行使用人自主权，另一方面也可以保障单位和职工的合法权利，便于事业单位职工参与民主管理和监督。（3）完善事业单位人事制度改革的配套政策与措施。任何组织都是由具有规律化的交互作用或相互依赖的要素组成的有机整体，只有系统诸要素相互关联和分工合作才能达成组织的整体目标。因此，事业单位人事制度的改革离不开相关配套措施的支持。第一，通过渐进方式使事业单位劳动力队伍趋向合理化；第二，注重事业单位人事制度单项环节改革间的协同推进；第三，建立健全事业单位人事法律法规体系；第四，优化事业单位人事制度改革的心理环境。
4.建立健全社会保障体系。面对在将事业单位推向市场和社会的改革过程中所存在的人员的大量流动现象，如何安置分流人员成为事业单位改革的关键问题，解决好分流人员的社会保障问题是实现分流人员合理安置的首要保证。只有建立起完善的社会保障体系，才能真正把“单位人”变成“社会人”，逐步实现人才资源的社会化配置。建立健全医疗保险、失业保险、养老保险、工伤保险等社会保障制度，并使这些制度真正发挥作用，是解决分流人员流动的“后顾之忧”、保证出口畅通的重要手段。