我国事业单位管理体制改革中存在的主要问题：
从总体上看，我国事业单位改革与社会主义市场经济体制建设和各项事业的发展还不相适应，且远远滞后于政府改革与企业改革，传统事业单位管理体制的深层次问题如“政事不分”现象依然存在，人事管理机制也未落实到位，以及由此带来资源配置的非社会化等问题仍十分突出。
我国事业单位管理体制改革的措施：
事业单位管理体制改革是一项复杂而庞大的系统工程。2010年《政府工作报告》明确指出，我国2010年的主要任务之一是要按照政事分开、事企分开和管办分离的要求，在科学分类的基础上，积极稳妥推进事业单位改革。为保证改革的顺利实施，针对目前我国事业单位管理体制存在的矛盾和问题，应从以下几个方面采取措施：
1.事业单位的重新分类。科学分类是实施有效治理的基础。传统的事业单位分类方法主要是按照行业分类、按照经费分类、按照级别分类、按照隶属关系以及按照经济成分分类等，改革开放后，伴随着经济体制改革、政治体制改革和社会转型，我国产生了多种新类型的事业单位，以前的分类方法不再适用。
近年来，许多学者和领导都对事业单位的重新分类进行了深入思考。黄恒学教授将我国事业单位重新定位为现代事业组织，他认为，所谓现代事业组织，是指在现代市场经济条件下，依法设立，不以营利为目的，拥有独立资产，面向社会自主从事准公共产品生产经营活动的社会基本组织形式。{3}国家发展和改革委员会经济体制综合改革司司长范恒山认为事业单位可分为三类：一是直接承担政府行政职能、为政府服务的事业单位，主要从事的是监管、资质认证、质检、鉴证及机关后勤服务等类的活动；二是承担公共事业发展职能、为社会服务的事业单位，主要从事的是科教文卫等社会事业和与公共基础设施建设、公用事业服务相关的活动；三是承担着中介沟通职能、为市场和企业服务的事业单位，主要从事的是咨询、协调一类的活动。{4}按照事业单位所承担的社会功能，中央机构编制委员会办公室副主任黄文平将其划分为承担行政职能的、从事公益服务的和从事生产经营活动的三大类。{5}丁茂战教授将其分为四种基本类型：行政执行类、纯公益类、准公益类和生产经营类。中央机构编制委员会办公室事业单位登记管理局副局长左然将其分为行政类、行政与公益混合类、公益类、经营类等四类。
在吸收理论研究成果的基础上，笔者认为，根据事业单位所承担的社会功能的不同，可将我国目前的事业单位分为行政执行类事业单位、社会公益类事业单位和生产经营类事业单位三种基本类型，其中社会公益类事业单位又可分为纯公益类事业单位和准公益类事业单位。纯公益类事业单位主要是指依法承担或经政府授权为全社会提供纯公共产品，实现社会公共需要和国家长远利益，个人消费不具有竞争性和排他性的事业单位。如义务教育、基础性研究、基本医疗卫生服务、公益性文化等机构都属于纯公益类事业单位。准公益类事业单位是指依法承担或受政府授权为部分社会群体提供准公共产品，部分群体的受益与实现公共需求和公共利益基本一致，但个人消费具有一定程度的排他性和竞争性的事业单位。如非义务阶段的教育机构、文化艺术单位、城市公用单位等。{6}对于行政执行类事业单位，只允许政府主办，经费来源完全靠财政拨款，有执法收费的单位要严格执行“收支两条线”的经费管理形式，严禁收支挂钩，行政性收费和罚没收入要全额上缴财政，人员经费和事业经费列入财政预算，其改革方向是与国家机关合并。对于生产经营类事业单位，则要将其推向市场，使其市场化、商业化。因此，改革的重点应是社会公益类事业单位。
2.理顺政事关系，重塑政府部门与事业单位的关系模式。立足政事分开原则，合理划分事业单位职能和明确政府职责是事业单位人事制度改革的重要前提。首先，要明确政府部门与事业单位的职能分工。作为举办主体的政府部门应有所为、有所不为，对于只有由政府举办才能实现社会福利最大化的绝大多数纯公益事业以及相当一部分准公益事业，政府应当积极举办；对于生产经营类事业单位，政府应将这部分事业单位推向市场，由社会力量和个人力量为主渠道来进行举办，使其实现市场化、商业化，政府只对其进行鼓励和扶持。其次，应调整政府部门与事业单位的财务关系。根据事业单位所承担的社会功能的不同，分类理顺政府部门与事业单位之间的财务关系。对于行政执行类事业单位，政府提供完全的财政支持；对于纯公益类事业单位，由于这类事业单位所提供的服务代表社会共同利益和长远利益，原则上不能用市场机制去调节，因此，政府要提供该类事业单位的发展经费；对于准公益类事业单位，则根据其能够市场化的程度来确立相应的政府补偿机制；对于完全可以市场化、商业化的生产经营类事业单位，政府应完全放手交由市场机制来调控。第三，政府部门与事业单位应建立合同契约关系来取代之前的隶属关系。通过建立这种合同契约关系，将政府对事业单位的大包大揽变为政府社会双向约束事业单位。对于由政府举办的事业单位，政府要积极行使其在产权、财权、领导任免权等方面的职能权力，同时建立科学合理的评价体系，强化对事业单位的责任约束；对于非由政府举办的事业单位，要依法赋予这些事业单位应有的自主权，使其成为在制度约束下自主运营、自我发展的独立法人实体。按照政事分开的原则，真正实现事业单位在市场经济条件下的主体地位。
减少政府部门对事业单位的直接干预，下放管理权限，适度借鉴或参考国外公共服务体系建设的有益经验，建立与中国社会主义市场经济体制以及各项社会事业自身发展规律相适应的现代事业制度，以达到事业举办主体多元化、公共服务资源配置社会化、公立事业组织相对独立化、事业单位人事制度科学化、事业监督管理体系有效化的理想状态。
3.完善事业单位人事制度。2000年《深化干部人事制度改革纲要》颁布实施以来，干部人事制度改革在许多方面都取得了重大进展。针对改革过程中出现的种种问题，应从以下几个方面来完善事业单位人事制度：（1）继续推行以聘用制和岗位管理制为重点的事业单位用人制度。将固定化的用人制度转变为契约化的用人制度，努力实现人事制度由传统的身份管理向岗位管理转变，积极促进市场机制在事业单位人才资源配置方面发挥基础性作用。深化以聘用制度和岗位管理制为重点的事业单位用人制度，是从根本上改变事业单位机构臃肿，人浮于事，缺乏生机与活力局面的重要手段之一。（2）建立健全符合事业单位特点的人事监督制度和宏观管理制度。加强对事业单位人事工作的监督和宏观管理，一方面可以保证事业单位在国家法律法规所规定的范围内行使用人自主权，另一方面也可以保障单位和职工的合法权利，便于事业单位职工参与民主管理和监督。（3）完善事业单位人事制度改革的配套政策与措施。任何组织都是由具有规律化的交互作用或相互依赖的要素组成的有机整体，只有系统诸要素相互关联和分工合作才能达成组织的整体目标。因此，事业单位人事制度的改革离不开相关配套措施的支持。第一，通过渐进方式使事业单位劳动力队伍趋向合理化；第二，注重事业单位人事制度单项环节改革间的协同推进；第三，建立健全事业单位人事法律法规体系；第四，优化事业单位人事制度改革的心理环境。
4.建立健全社会保障体系。面对在将事业单位推向市场和社会的改革过程中所存在的人员的大量流动现象，如何安置分流人员成为事业单位改革的关键问题，解决好分流人员的社会保障问题是实现分流人员合理安置的首要保证。只有建立起完善的社会保障体系，才能真正把“单位人”变成“社会人”，逐步实现人才资源的社会化配置。建立健全医疗保险、失业保险、养老保险、工伤保险等社会保障制度，并使这些制度真正发挥作用，是解决分流人员流动的“后顾之忧”、保证出口畅通的重要手段。
应该认识到，建立完善的社会保障体系需要相当长的一段时间。在努力完善社会保障体系的同时，必须实行多层次、多形式的分流人员安置制度，坚持以内部消化为主；其次，要制定切实可行的政策，建立未聘人员档案管理制度等，以促进行业内外流动；第三，积极为妥善安置未聘人员创造各种可能的条件，如建立专门的分流人员安置指导机构，组织定向培训，引导鼓励分流人员走向企业、走向基层、走向农村等，为他们提供大量的帮助与指导，改善其知识结构，合理引导鼓励使他们在新的领域发挥作用。
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