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转录组测序结果怎么看
差异基因中 log2 fc 和 fpkm的区别
答:
fpkm为基因表达量的值,
测序结果
通常给出测出的所有基因的表达量值,通常FPKM值横跨10^-2到10^4六个数量级。FC为两样本(组)基因间的比值,在
转录组测序
中,早期样本组1,某基因平均FPKM值为455,中期样本组2,某基因平均FPKM值为100, 这个基因在样本组1、2之间的FC=455/100.=4.55 取log2FC...
转录组测序
5-基因差异表达分析
答:
转录组测序
是最常用的组学实验,对全谱基因定量,找到差异表达基因。RNAseq涉及到原始数据,数据质控,基因组比对,差异基因鉴定,差异基因功能富集分析,重要基因如转录因子激酶的靶基因预测等,我们用10讲的时间,全面讲解转录组测序报告,及在上百个项目中遇到的近百个常见问题。 上一期视频 基因表达定量 中,我们讨论了在cl...
对
转录组测序
数据
怎么
找转录起始位点
答:
采用新一代高通量
测序
技术Illumina HiSeq 2000对鸟巢蕨
转录组
(Asplenium nidus)进行
测 序
,共获得29 254 595个序列读取片段(reads),包含了5 908 586 517个碱基序列(bp)信息。对reads 进行序列组装,共获得42 907个单基因簇(Unigene),平均长度936 bp,序列信息达到了40.16 Mb。数 据库中的...
二代
测序
那些事
答:
聊一聊最常用的二代
测序
那些事:
转录组
分析进阶 20170319-第01期-Illumina测序原理 主要是看一下 : 备注:黑色区域为P7;红色区域为P5;假设P5->P7 为正向 图示如下: adapter在中文是适配器或者接口的意思,在前面的内容中已经提到将测序序列打碎成片断后要将末端补平然后添加adapter...
WGCNA分析--提升
转录组测序
文章档次的利器
答:
转录组测序结果
: 利用转录组测序所有基因以及所有样品的表达矩阵做样品间的相关性分析和PCA聚类分析,从中可以发现,相同的发育状态或者组织聚类在一起,说明他们之间具有较强的相关性。差异基因比较分析: 作者主要比较了相同发育状态不同品种之间的转录组差异比较,差异基因的上下调数量和其中转录因子的数量图a,另外还统计...
转录组测序
是什么意思?
答:
转录组测序
是一种高通量测序技术,可以在单个细胞或组织中全面分析并鉴定RNA的类型、数量和序列。这种方法可以揭示基因表达、基因调控、剪切变异等方面的信息,从而帮助我们更深入地了解细胞和组织的生物学功能。转录组测序的实验流程包括RNA提取、RNA样品制备、测序、数据分析等步骤,需要综合运用生物化学、生物...
瞬息万变不过RNA——
转录组测序
常见问题集锦
答:
A
转录组测序
是只检测mRNA,lncRNA测序是既检测mRNA又检测lncRNA。Q 实验组和对照组的取样原则?A 推荐根据表型或检测数值显著变化的组别作为实验组和对照组。实验组对照组的选取 Q 转录组测序能否检测到指定的pathway?A 检测到哪些通路取决于样本及其不同分组的差异,获得的
结果
是基因显著富集得到的...
不同的取样时间,
转录组测序
差异大吗
答:
取样时间的差异主要表现在两方面:1. 表达差异:在不同的时间点,细胞内的基因表达可能会发生变化。例如,在植物叶片的发育过程中,不同时间点叶片细胞中的基因表达会出现差异。因此,不同取样时间点的
转录组测序结果
可能会有较大差异。2. 技术差异:即使在同样的实验条件下,不同取样时间点样本的RNA...
必备
转录组
表达分析知识图谱
答:
下图是一个转录组试验的标准试验流程。在建库的过程中,常见文库形式包括单端和单端测序,同时还有非链特异性和链特异性测序。在实验设计方面,有两个比较重要的因素:重复数量和测序深度。如下图所示,最近若干年来,大多数
转录组测序
的数据 reads 数量都是从 10 到 100M 之间,而样本数量基本上就是...
RNA-seq摸索:3.基因表达水平分析→featureCounts计量→差异表达分析及可...
答:
对给定的基因组参考区域,计算比对上的 read 数,又称为 raw count (RC)。计数
结果
的差异的影响因素:落在参考区域上下限的read是否需要被统计,按照什么样的标准进行统计。RPM方法:10^6 标准化了
测序
深度的影响 ,但没有考虑
转录
本的长度的影响。RPM适合于产生的read读数不受基因长度影响的测序方法...
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