在起兵之前，谋士姚对他说：“朝鲜有一个人，名叫方孝孺，学识渊博，品德高尚。将来殿下夺取天下，他当然会拒绝加入，但请不要杀他。你杀了他，天下文人的种子就灭绝了。”朱棣答应了。朱棣占领南京后，方孝孺拒绝加入他，所以朱棣把他关进了监狱。几天后，朱棣准备正式登基，并请方孝孺为他写一份文告。方晓茹坚决拒绝。朱棣派方孝孺的学生廖勇和廖明去劝说他们，但他们受到严厉斥责。
无奈之下，朱棣只好派人强行护送方孝孺去了寺庙。当时，方孝孺穿着丧服在大厅里嚎啕大哭。朱棣命令卫兵强行撕掉方孝孺的丧服，给他穿上朝服。之后，他强压怒火，亲自劝说方孝孺说：“老师不要难过！我本该效法周公，助他成王。”方孝孺马上问：“王乘在哪里？”朱棣说，“他自焚而死。”方孝孺又问：“何不立王公子为皇位？”朱棣说，“国家要靠年长的君主来治理。”方孝孺又问：“那为什么不让王乘的弟弟当皇帝呢？”朱棣无言以对，只好说：“这是我家的事，老师不用太辛苦。”
朱棣让左右把纸笔递给方孝孺，说：“你要当老师，告诉天下的草。”方孝孺接过纸笔，大笔一挥写下了“燕贼篡位”四个大字，然后把笔扔了，大声说道：“死就是死，信都不能写。”朱棣见方孝孺不合作，扬言要杀了九大宗亲。方孝孺愤然道：“那十大宗亲呢？”朱棣大怒，下令把方孝孺的嘴从嘴角一直割到耳朵。方晓茹满脸是血，还在痛骂她。朱棣厉声说道，“我不能让你这么快乐地死去。我要灭了你们十大氏族！”方孝孺十族共杀了873人，都在方孝孺面前。每杀一个人，审查官就问他是否恢复理智了。方孝孺强忍悲痛，不肯屈服。
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