生物菌肥和普通的能用肥的主要区别就是在于成分不同。生物菌肥是复合肥，其中添加了氮肥、钾肥以及磷肥等等，可以让肥料的营养更加全面，但是普通的能用肥就不含有这么多的养分，所以说营养比较单一，因此如果想要让农作物生长得更加好，使用生物菌肥是更好的。
生物菌肥是使用的时候对于温度和土壤环境的要求是比较高的，首先最佳的使用生物菌肥的温度就是25摄氏度左右，如果温度超过37摄氏度的话，那么生物菌就会失活，而且如果温度低于五摄氏度的话，生物菌同样效果很差。其次如果土地十分的干燥的话，使用生物菌也没有太好的效果。
另外生物菌肥是不能跟杀虫剂以及含有硫元素的化肥一起使用的，不然的话肥料很可能把生物菌群杀死，所以说如果使用了生物菌肥的话，那么至少要间隔两天的时间，才可以继续使用化肥和除虫剂。
生物菌肥的使用次数一般情况下生物菌肥的使用次数是没有具体的要求的，主要根据土壤的状态，如果土壤所处的环境比较适宜，土壤湿度适宜，土壤比较松软，并且光照非常的重组，再加上温度也是适宜的状态，那么一般使用两次生物菌肥就可以了。
但是如果环境不是特别的好，那么就需要连续不断地使用多次生物菌肥，一般至少要使用五次。当植物的生长状态达到预期的话，基本上就可以停止了。而且在使用生物菌肥的时候，需要使用水冲，但是加水会让生物菌肥损失，所以说这个时候还需要补充一点生物菌肥。但是生物菌肥并不是肥料，所以不能完全替代肥料的作用。
根据施肥的时机不同，底肥和追肥使用量为每亩5公斤公斤，可以和其他肥料混合后使用；
对于果树之类的农产品，每颗幼苗使用量为200克左右，成年后的果树可以放射状沟施，每颗0.5-1公斤即可。
除此之外，微生物菌肥还可以用作蘸苗灌根、拌苗床土、盆栽以及冲施等，各种施肥方法都有所不同，用量也要把握好，否则就事倍功半了。
生物菌肥
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫作菌肥，但是其本质不是肥，只是通过一些工厂的手段培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
使用方法：
1、 用得早，用得足，次数多。微生物菌剂到根际需要与其它的微生物竞争营养和位置等，因此，要做到先声夺人，才能取得更好的效果。 建议从底肥(生长早期）就开始施用，不要随意减量，并在一个生长季至少施用2-3次。
2、 采用正确的施用方式：可采用拌种、浸种、蘸根、灌根、穴施、沟施、喷施、滴灌、撒施等方式。浸拌种、蘸根等方式早期效果突出，要达到更好的效果，还需要结合土施的方式，尤其结合灌根、穴施、滴灌等方式效果更好。
2）喷施和滴灌对微生物菌剂的要求较高，大多数微生物菌剂由于载体和生产工艺的限制，是不能溶解的。
1） 撒施在表面后，一定要覆土，促进微生物在土壤中的定殖，避免紫外线的伤害。
注意事项：
1、氮、磷、钾总含量超过8%时与菌剂混合施肥，会一直菌的活性。
2、不要将菌肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥（如：硫酸钾等）以及草木灰混合使用。
3、建议采用沟施、窝施的方式，一定要将菌肥盖在土壤里，避免阳光直射，紫外线会杀死细菌；此外，不建议冲施微生物菌肥，因为加速吸收后菌群会被冲散，影响施用后的效果。
4、气温过高、过低、干旱条件下的农作物田块不建议使用微生物菌肥。
菌肥分类
1、有固氮作用的菌肥：包括根瘤菌、固氮菌、固氮蓝藻等；
2、分解土壤有机物的菌肥：包括有机磷细菌和复合细菌等；
3、分解土壤中难溶性矿物的菌肥：包括硅酸盐细菌、无机磷细菌等；
4、促进作物对土壤养分利用的菌肥：包括菌根菌等；
5、抗病及刺激作物生长的菌肥：包括抗生菌、增产菌等。
菌肥优势
三种以上多种复合菌相互促进、相互补充，抗土传病害效果远远大于单一菌种。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
1、提高作物产量
2、改善作物品质
3、增强作物抗逆性
4、提高化肥利用率
5、改善土壤环境
