生物菌肥，顾名思义是有机肥与微生物菌相结合。过高含量微生物菌会影响作物生长，生物菌肥主要优势在于其含有的功能有益菌，它具有直接或间接改良土壤、恢复地力作用。因为里面含有大量的生物菌，所以在生物菌活动的帮助下，不仅可以改良土壤的结构，提升里面各种元素的含量，而且还可以带来解钾、释磷、固氮的功能。土壤中有益菌群增大可消灭有害菌从而减轻作物病害！使作物增产增收
改良土壤，培肥土壤，有机肥施入土壤后，有机质能改良土壤的理化状况和生物特性，熟化土壤，增强土壤保持和提供肥料和缓冲的能力，并为作物的生长创造良好的土壤条件。
提高抗旱耐涝能力有机肥施入土壤后，可以增强土壤的蓄水保水能力。在干旱条件下，能提高作物的抗旱能力。施用有机肥后，还能改良土壤空隙，使土壤疏松，改良根系生态环境，可以促进根系的发育，提高作物的耐涝性。
增产提质，有机肥中有机质和各种营养元素，为农作物提供了营养，有机肥腐解后，为土壤微生物活动提供能量和养分，促进微生物活动，加速有机质分解。
减少环境污染，有机废弃物中含有大量的病菌虫卵，如不及时处理会传播病菌，使地下水中氨态、硝态和可溶性有机氮浓度增加，地表和地下水富营养化造成环境质量恶化。因此，合理使用这些有机肥可以减少环境污染。