秦始皇焚书坑儒主要出于与分裂割据思想作斗争。
当时的一些儒生、游士，希望复辟贵族割据局面，他们“人则心非，出则巷议”，引证《诗》《书》、百家语，以古非今。始皇三十四年，丞相李斯请求焚毁《诗》《书》，消灭私学。他建议“史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏《诗》《书》、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语《诗》《书》者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师”。秦始皇接受了这一建议，于是就发生了焚书事件。第二年，为秦始皇求仙药的方士有诽谤之言，又相邀逃亡，秦始皇派御史侦察咸阳的儒生方士，把其中被认为犯禁者四百六十多人坑死。
在早期封建社会的历史条件下，在统一与分裂激烈斗争的年代，秦始皇用焚书坑儒手段来打击贵族政治的思想是可以理解的。但是，焚书坑儒摧残文化，是极其野蛮残暴的事，对于古文献的保存和学术的传授，造成了极大的损失。