病菌主要以菌丝体、分生孢子器、分生孢子角、子囊壳在果园病株和病残体上越冬。在春季雨后或高湿条件下，上年病疤上的黑色小粒点，即病菌的分生孢子器或子囊壳吸水从孔口涌出橘黄色、卷须状的孢子角，分生孢子和子囊孢子通过雨水和昆虫传播。腐烂病菌是一种弱性寄生菌，一般只能从伤口侵入已经死亡的皮层组织，但也能从叶痕、果柄痕和皮孔侵入。侵入伤口包括冻伤、修剪伤、机械伤和日灼伤等，其中，以冻伤最有利于病菌侵入。苹果腐烂病菌具有潜伏特性。苹果树普遍带有腐烂病菌。除病树、病斑带菌外，外表无症状的树皮，甚至无病果园的苹果树枝条中都有腐烂病菌存在。菌丝可以在树体内长期生存而不致病，分生孢子可以在树体上长期存活而不发芽。病菌侵入后，首先在侵入点潜伏生存，如果树势健壮，抗病力强时，病原菌就不能进一步扩展致病，而是长期潜伏。当树体或其局部组织衰弱时，寄主抗病力降低或暂时降低时，潜伏病菌便会活动扩展。病菌产生有毒物质，杀死周围的活细胞，接着菌丝向外扩展，如此不断向纵深发展，使皮层组织呈腐烂状。当条件不利时，病菌便停止扩展，进入（暂时）潜伏状态。
据辽宁熊岳果树所观察，3～10月在病树皮上不断有橘黄色孢子角出现，而以5～7月最多，每次都在降水后出现。病菌孢子主要靠雨水飞溅传播。田间分生孢子以3月上旬至4月上旬为多。腐烂病菌孢子发芽侵入后可潜伏在树皮表面坏死组织、叶痕、皮孔、果台和果柄痕等部位。在辽宁兴城，3～11月腐烂病菌均可侵染，以3月下旬至5月侵染较多，6～11月侵染较少，12月至翌年2月严冬季节，不发生侵染。
据中国果树所观察，腐烂病的年发病周期，始于每年的夏季。树皮上从6月上中旬开始形成鳞片状自然落皮层，7月上中旬落皮层组织逐渐变色死亡。夏季是苹果树活跃生长期，不是病菌扩展致病的有利时机，但这种落皮层为腐烂病菌提供了良好条件，侵入树皮的病菌先在此扩展，致使落皮层发生病变，形成表层溃疡斑。10月下旬至11月间，苹果树渐入休眠期，生活力减弱，病菌活动加强，有些表层溃疡上，病菌局部透过下部的周皮，侵入健康组织，形成数个坏死点。坏死点及春季潜存下来的干病斑，届时向纵深扩展危害。11月至翌年1月，内部发病数量激增。深冬季节（休眠期），病菌扩展缓慢，症状不明显。外观症状出现的高峰期在早春（2～3月），病斑扩展快，危害最严重。5月，发病盛期结束。在生长期内，遗留下来的病斑不再活动，只有老弱枝干上的病斑可缓慢扩展。晚秋季腐烂病斑发生又出现一个小高峰。