根据《土地法》第七十四条规定：“违反本法规定，占用耕地建窑、建坟或者擅自在耕地上建房、挖砂、采石、采矿、取土等，破坏种植条件的，或者因开发土地造成土地荒漠化、盐渍化的，由县级以上人民政府土地行政主管部门责令限期改正或者治理，可以并处罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。”据此，未经批准占用耕地建房是违法行为，不但得不到补助，还要被处以罚款。
延伸阅读：如果想在农业用地建厂房需要到国土局进行申请、审批。所有厂房都是盖在农业用地上面的。只是现在国家更重视农业，相对申请较难，可以去国土局批个文件 ，把土地买下，办个建房证，就全部属于自己的了。
建议走正规流程进行申请、审批，这样会更保险一些。