防治平菇病虫害应以预防为主，采取综合防治措施，从各个环节入手，在不同时期，采用不同的防治对策。
（1）侵染性病害防治
1）栽培原料的预处理
平菇生料栽培对培养料的处理，不仅要控制杂菌污染，还应杀灭虫卵，消灭病菌孢子，有利于平菇菌丝健壮生长。
①栽培料如棉籽壳、作物秸秆等彻底暴晒，达到“焦干”程度。营养较高的辅料应采取热水浸闷或生石灰碱化处理；
②培养料拌匀后，必须在一定时间内进行充分、完全发酵，高温期达到65℃以上，总时间不少于24小时；
③对质量较差的陈旧原料，拌料时需加入2%以上的生石灰、0.15%左右的菇菌灵或其他消毒杀菌剂。
2）菌墙覆土的严格选用及消毒处理
所用覆土应科学配制，保持土粒细致、均匀、疏松，保湿性和透气性均较好，使之既要有一定营养物质，适宜平菇菌丝生长利用，又要新鲜洁净，不含未腐熟的粪肥。具体消毒处理方法如下：
①甲醛拌熏。按100千克覆土，用甲醛10毫升加水1000毫升稀释，均匀喷洒拌入土内，堆积盖膜熏闷24小时以上。
②多菌灵或菇菌灵拌土。将杀菌剂用适量水稀释，均匀喷拌入土中，拌药量为每立方米覆土0.4～0.6千克。
③加强菇厂周围环境的卫生管理，清理消除一切可能潜存病菌的新旧菌源，并经常进行消毒灭虫工作。所用水源应保证清洁，使用合理，避免大水漫灌。根据季节气候变化，及时协调菇棚内温、湿、气、光之间关系。
④发生病害初期，可用菇菌灵800倍液喷洒出菇面、空间、菇房墙壁等。若发病严重，应先清理掉病菇，揭开顶膜日晒风吹3小时以上，再喷施菇病灵600倍液，防治效果可达95%以上。
（2）杂菌的防治
污染食用菌的杂菌，主要来源于培养料和栽培环境；食用菌害虫大多数是外界侵入和菇房（场）内不良环境共同造成的。在防治上除了采取一般性的预防和处理措施外，应运用生态学防治新技术和采用新型高效、针对性强的药剂来综合控制杂菌害虫的发生。
①菇房（窖棚、地沟）在使用前要严格进行消毒 老菇房要刮去一层壁土，用甲醛、消霉净或硫磺熏蒸，新菇房也要用石炭酸溶液或菇菌灵喷洒一遍，或撒一层生石灰粉进行灭虫处理。旧塑料膜再用，要用高锰酸钾溶液擦洗或浸泡处理，草帘在使用前应在阳光下暴晒2天以上。经常清理消毒菇房及周围环境，消除废料、菇根及覆土等菌源、虫源，在菇场内有针对性喷洒杀菌剂（如得克斯消毒散、菇菌灵、菇病灵）和害虫阻止剂（如生石灰粉、石炭酸），可预防病原菌及害虫的侵入。
②创造良好的生态条件，保持菇场环境的清洁卫生 温度、湿度、通气及光照是四个最重要的生态因子。菇房内要调节适宜的温、湿、气、光，以增强子实体的生活力及抗逆性。特别是在冬季连续阴天低温下，子实体生长缓慢，一方面要注意适当保温，如夜晚在棚膜上加盖草帘，保持菇房内温度在7℃以上；另一方面要注意降低空气湿度（控制在90%以下），加强通风管理，适时进行光照。尤其在春季气温骤然大幅度回升时，更要注重通风降温散湿，预防平菇病害的发生和蔓延。另外，喷水时一定要用洁净水源。
（3）虫害的防治
尖眼菌蚊、菌瘿蚊、菇螨、跳虫和线虫等既是平菇主要害虫，又是传播病原菌的重要途径，应及时预防和杀灭这些致病害虫，以免进入菇房。首先要消灭菇场内的害虫，防治菇房内不良发酵气味诱虫侵入。在出菇期间，一旦发现有虫菌袋，应及时处理。使用化学农药，应以防治成虫为主，可选用1%石炭酸液、50%辛硫磷1500倍液或0.5%凯素灵药液等喷洒，效果均显著。但应注意不要将药液直接喷于子实体上；熏蒸菇房应在出菇前进行，以防药害。5%食盐水对抑杀菌蚊幼虫、线虫等效果良好；除虫菊蚊香、凯素灵等卫生用药，对菌蚊成虫驱杀作用较好；对付菇螨危害，可采用香腥毒饵进行诱集杀灭。