（1）空根白心菇
菇房喷水少、湿度小，覆土层含水量不足，子实体得不到充足的水分，菌柄就会产生白色髓部，甚至空心。防治方法：适时喷水；出菇期菇房保持在85%以上的相对湿度，可防止空根白心菇的发生。
（2）水锈斑菇
每次喷水后，未及时打开窗户通风换气，菇房湿度过大，蘑菇表面出现小水滴，时间一长，就形成锈色斑点。防治方法：保持室内空气新鲜，喷水后要开门窗通风0.5～1小时。
（3）红根菇
出菇前高湿阶段用水过多，覆土层含水量过大，或栽培养料pH偏小，或追施葡萄糖过多，通风不良，都易生红根菇。防治方法：将覆土的含水量保持在22%～25%，可适当喷些石灰清水，追肥要适当。
（4）硬开伞、早开伞
昼夜温差达10℃，或遇冷空气袭击，均会造成硬开伞。如出菇密度过大、温度偏高或湿度偏低就会提早开伞。防治方法：在温度骤变时，菇房外应加盖草帘，保持菇房适宜的温湿度。
（5）地蕾菇
培养料进房时湿度过大，覆盖细土过迟、温度较低，易产生地蕾菇。防治方法：应掌握喷水量、通风量，使菌丝吊在粗土之上、细土之下。
（6）畸形菇
通风不畅，菇房内二氧化碳含量超过0.3%，易出现畸形菇。防治方法：在管理上要注意菇房通风。