事业单位绩效工资具体发放情况要看不同部门的规定。部分单位以量化分数来进行分配。有一种算法是，首先将各部门得分与部门人数乘积加总，即得单位绩效考核总分。再将事业单位当月奖励性绩效工资总额除以考核总分，即为每分工资数。某部门的当月绩效工资总量即=部门得分×人数×每分工资数。在这里奖励性绩效工资的分配没有考虑事业单位工作人员的身份和岗位等级，各部门内部的分配可以参照本办法执行。
分配原则：事业单位绩效工资分为基础性绩效工资和奖励性绩效工资两部分。分为每月固定发放和年度一次性发放两部分，按照“多劳多得、不劳不得、优绩优酬”和“公平、公正、公开”的原则进行分配，与绩效考核挂钩，根据绩效考核情况发放。
目前尚无一个行之有效的、各方达成共识的绩效评估办法，这也是绩效工资改革的重点和难点所在。
专家普遍认为，首先，事业单位的绩效评估办法不能变成简单“计工分”的形式，要充分体现公平、公正，在规范事业单位工资、津贴制度的同时，逐步形成合理的绩效工资水平决定机制、完善的分配激励机制和健全的分配宏观调控机制。
第二，绩效管理应该更多关注员工内在的积极性，让他们有发自内心的对单位的热爱，有发自内心的主人公感觉，有充足的能量，有高度的责任感。
第三，绩效工资改革应该规范事业单位本身的经费使用，使得其更专注于“提高公益服务水平”。
实行绩效工资改革方式带来的工资变化：
绩效工资跟以前的“大锅饭工资”方式相比，更多是工资计算方式的变化，是一种相对规范和相对公平的方式。绩效工资改革并不是以涨工资为基本目的的。
国务院会议明确表示，绩效工资改革是将实施绩效工资与清理规范津贴补贴相结合，规范事业单位财务管理和收入分配秩序，严肃分配纪律。有的专家举了即将开展绩效工资改革的医疗卫生机构为例，现 在不少医疗机构存在收受患者红包、推销特定药品、外出坐堂就诊等“增收”方式，但进行绩效工资改革，就应该堵住这样的“后门收入”。
离退休人员的权益保障：
这也是事业单位绩效工资改革的一个重点和难点。国务院会议明确表示，统筹事业单位在职人员与离退休人员的收入分配关系，不断完善绩效工资政策。事业单位实施绩效工资的同时，对离退休人员发放生活补贴。
之前在一些省市推行的事业单位养老制度改革遇到了一些挫折。一些年纪较大的事业单位的员工，他们文化程度不高，在单位也不担任任何领导职务，在某种意义上讲属于单位的“弱势群体”。专家们呼吁在绩效工资改革中，要充分考虑这一部分“弱势群体”的利益，以保障社会和谐。