夫妻户口不在一起的，孩子的户口可随其中一方，由其中一方的户主向常住地户口登记机关申报登记。
《户口登记条例》第五条
户口登记以户为单位。同主管人共同居住一处的立为一户，以主管人为户主。单身居住的自立一户，以本人为户主。居住在机关、团体、学校、企业、事业等单位内部和公共宿舍的户口共立一户或者分别立户。户主负责按照本条例的规定申报户口登记。
第六条
公民应当在经常居住的地方登记为常住人口，一个公民只能在一个地方登记为常住人口。
第七条
婴儿出生后一个月以内，由户主、亲属、抚养人或者邻居向婴儿常住地户口登记机关申报出生登记。
弃婴，由收养人或者育婴机关向户口登记机关申报出生登记。
《中华人民共和国户口登记条例》
第十九条公民因结婚、离婚、收养、认领、分户、并户、失踪、寻回或者其他事由引起户口变动的时候，由户主或者本人向户口登记机关申报变更登记。