首先，夫妻双方户口不在一起并不影响孩子上户口。你们可以家庭内部决定孩子上父母双方任意一方的户口都可以。有几点需要注意：
1、给孩子落谁的户口可以考虑以下因素：一是孩子日常由谁照顾；二是当地教育的优劣；三是地区福利补贴，比如说有的经济发达的农村，入户后分到地后一般集团承包而给个人补贴，上学完全免费，而有的地区则做不到。你们可以综合考量。
2、决定了孩子上谁的户口以后，需要带齐以下证件：准生证，生育证，结婚证，户口本，身份证，出生医学证明到最终决定落户的户籍管理部门办理。
3、孩子的第一次落户办理比较简单。但如果改迁的话，相比第一次要麻烦，需要迁入地接收才可，有的地区是嫁出的女方户口所在地，不接收其孩子户口改迁，所以第一次落户要慎重。
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