影响嫁接苗成活率的因素主要有以下几个：
（1）砧木与接穗的亲和性砧木与接穗的亲和性是指砧木与接穗嫁接后，两者切面愈合与接合的能力，亲和性越强，砧木与接穗切面间的愈伤组织内越容易分化形成连接砧木与接穗的
维管束，嫁接苗也越容易成活。砧木与接穗亲和性差的组合，嫁接苗的成活质量也比较低，并且嫁接苗亲和性的稳定性也比较差，栽培后期当环境条件不适宜或植株结果较多，营养供应不足时，接穗还容易发生枯死现象。砧木与接穗不亲和的嫁接组合，由于砧木与接穗间的愈伤组织内不能形成连通砧木与接穗输导组织的维管束，嫁接苗难以成活。
一般来讲，同科蔬菜间的嫁接亲和性较科间蔬菜的强（如葫芦、西瓜均属于
葫芦科，嫁接亲和性较好），所以生产中，所用嫁接组合多为同科蔬菜间的组合。但应注意的是，即使同科蔬菜间，同一砧木品种与同种蔬菜不同品种间的嫁接亲和性往往也有所差异，选择组合不当时，嫁接栽培后期，容易因嫁接亲和性不稳定而出现植株死亡或早衰现象，如常见的嫁接西瓜结瓜期的急性枯萎以及嫁接黄瓜结瓜期的接穗吐出现象，均是由于砧木与接穗品种的亲和性不良所致。因此，生产中，应加强砧木与接穗组合的选择。（2）砧木与接穗的质量嫁接过程中，砧木与接穗形成愈伤组织以及分化形成新的维管束等均需要一定的营养物质作基础，砧木和接穗生长健壮，养分充足，嫁接后愈伤组织形成的快而多，有利于成活，反之则不利于提高嫁接苗的成活率。所以，培育根系发达、叶片肥厚、胚轴粗壮的适龄嫁接用苗，有利于提高嫁接苗的成活率，特别是对一些嫁接亲和力差的组合，在培育壮苗的基础上，再保留适当数量的叶片，可显著提高成活率。（3）砧木与接穗的苗龄适宜苗龄的嫁接组合，不仅切面组织生长势强，有利于形成愈伤组织，嫁接后成活快，成活质量好，而且苗茎健壮，也不容易受到伤害。砧木与接穗的苗龄过小，因幼苗组织过于幼嫩，不仅嫁接操作过程中容易损伤幼苗，折伤苗茎，不方便嫁接操作，而且幼嫩的幼苗对育苗环境的要求也较为严格，容易发病，不利于提高嫁接苗的成活率。用苗龄过大的蔬菜苗嫁接，虽然方便嫁接操作，幼苗的抗性也增强，但嫁接部位组织的生理年龄偏大，嫁接后切面的愈合和接合时间延长，接合质量也大多不佳。
不同蔬菜间由于生长发育特点不同，适宜的嫁接苗龄也有所不同，如瓜类蔬菜一般要求用
子叶至一叶一心苗间的苗进行嫁接，而番茄、茄子则要求用3～5叶期的苗进行嫁接。同种蔬菜，由于选用的嫁接方法不同，对嫁接苗龄的要求也有所差异，如插接法要求用低龄接穗苗和大龄砧木苗嫁接，而靠接法和劈接法则要求接穗苗适当大一些。生产中，应根据蔬菜的种类以及嫁接方法的要求，选择适宜苗龄的嫁接用苗。（4）切面的贴合紧密程度砧木与接穗苗茎切面的贴合紧密程度影响到嫁接苗的成活率高低。
接穗与砧木苗茎切面贴合紧密，两者容易相互接合，才能正常地形成愈伤组织，并保证砧木与接穗间的维管束相互连通，因此嫁接后对嫁接部位的合理固定十分重要。接口固定不紧，接穗与砧木的切面相互分离，难以接合到一起，成活率不高；但固定过紧，容易挤伤切面，也不利于嫁接苗的成活，所以嫁接中应选择松紧适中的嫁接夹来固定接口。另外，嫁接夹的固定方式也要合理，要根据嫁接夹的夹口大小与嫁接苗茎的粗细关系来确定是从顺着嫁接方向固定还是与嫁接方向垂直固定接口。（5）切面削切与接合质量切面平直，有利于切面的紧密贴合，切面凹凸不平，两切面的贴合则较差，嫁接苗的成活率不高，即使勉强成活，壮苗率也不高。
另外，由于砧木苗茎切口由外向内，缺口缝隙越来越小，接穗与砧木的切面容易紧密贴合，因此砧木切口深处往往也是接穗与砧木切面愈合最好的部位。所以，接穗切面插入砧木切口内时，要尽量插到砧木苗茎切口的底部，以充分利用切口底部空间狭小，不易张开，容易紧密贴合的特点，增加接穗与砧木苗茎切面的紧密贴合点的数量，最大限度增加贴合面积。（6）嫁接苗的培育环境嫁接苗培育环境对嫁接苗的成活快慢、成活质量以及成活率高低等的影响很大，特别是嫁接后头3～4天内的苗床温度、湿度、光照以及通风情况等对嫁接苗的影响更为重要，此期适宜的温度、较高的
空气湿度、弱光照以及相对稳定的气流等条件有利于提高嫁接苗的成活率与嫁接苗的质量。（7）病虫危害嫁接苗自身的伤口容易受到病菌的侵染，引起发病，同时人在嫁接操作过程中，通过人手也还容易将发病苗的病菌（特别是病毒）传染给无病苗。此外，嫁接苗培育过程中，高温、高湿、弱光、空气流动少的环境还有利于病菌的繁殖，更为嫁接苗发病提供了病菌基础。嫁接苗切口一旦被病菌感染，很难愈合，所以发病严重的嫁接苗的成活率往往偏低。