首先是颜色不一样，用地许可证是黄色的，乡村建设许可证是棕色的。规划部门涉及一书三证：
《建设项目选址意见书》（蓝本）、《建设用地规划许可证》（黄本）、
《建设工程规划许可证》（绿本）、《乡村许可证》（棕本），在2008年1月1日前执行的《城市规划法中》不涉及《乡村建设规划许可证》，之后执行的《
城乡规划法中》把《乡村许可证》纳入其中，体现城乡统筹，统一管理。城市总体规划执行标准是《城乡规划法》各地区管理条例和城市总体规划、分区规划（较大城市）、详细规划，规划的编制基础是国土部门的《土地利用总体规划》。规划部门核发的一书三证都是在总体规划覆盖范围内。
《选址意见书》和《用地许可证》都是对城市总体规划范围内国有建设用地上建设项目的用地审批过程，其中只对政府划拨土地项目核发《选址意见书》，划拨及出让土地都核发《用地许可证》，选址在前用地在后，在取得《用地许可证》后，再到国土部门申请《国有土地使用权证》。
《工程许可证》是在以上证件、施工方案、修规、施工图等齐全、一致的情况下根据设计条件和申请建设的规模进行审批。
《乡村许可证》主要是指乡镇总体规划范围内的集体土地上建设项目的审批，城市总体规划中纳入城中村的土地有一部分也是集体土地，所以在对这些土地上建设项目（主要是住宅类、集体企业、畜牧养殖类）进行审批。这里括号说到的项目必须是用于集体生产生活，因为集体土地归集体所有，要是想盖一个酒店，挣大钱，对不起，不行；要是疯了盖一个酒店样子的集体食堂，供村民打饭，那行。
核发《乡村许可证》的项目有可能取得《选址意见书》，因为有些项目是需要选址的，风电、电力等等。《乡村许可证》和
《建设工程许可证》是一个阶段，我大致列一下就清楚了：
如果是划拨项目（机关、学校、公益事业）在符合总规、土地利用、环境要求、各类安全要求情况下先得到规划部门的《选址意见书》，之后规划、国土回来回发函，看地块的用地指标（
容积率、建筑密度、退线等等），在于国土部门签订土地出让合同，规划部门一看土地已经出让了，再根据要求发《用地许可证》，土地一看规划发证了，再看看这块地是什么地性，是国有还是集体（基本农田什么的就不会出现了，因为在发《选址意见书》之前相关部门都联合选址了）国有就发《国有土地证》，集体就发《集体土地证》，规划一看证如果拿到了国有土地就对地上的建筑批《工程许可证》，集体土地证就发《乡村许可证》。
出让土地的项目（地产开发等等）就免了《选址意见书》这个过程，与国土部门签土地出让合同，规划一看签了就发《用地许可证》，国土再看，规划再看......再根据土地性质发证。
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