山莨菪碱具有明显的外周抗胆碱作用，能对抗乙酰胆碱引起的肠及平滑肌收缩，对抗或缓解不同有机磷毒剂引起的中毒症状，并有改善微循环的作用，还可用于治疗感染性休克、慢性肺原性难治性心衰、脑血栓形成、糖尿病神经病变、坐骨神经痛、排尿性晕厥、胃和十二指肠疾病、急性胰腺炎、出血性小肠炎、急性肺水肿等多达20余种疾病。可作为阿托品的代用品，且毒性比阿托品低。现临床还开发为治疗视网膜血管痉挛、缺血性视神经病变、一氧化碳中毒性脑病、神经系统炎症及脑血管引起的急性瘫痪、有机磷农药中毒等的用药；也用于中药复合麻醉。特别是以山莨菪碱制成的654-2注射剂或片剂，治疗感染中毒性休克（如暴发型流行性脑脊髓膜炎、中毒性痢疾等）、血管性疾患（如脑栓塞、脑血栓、血栓闭塞性脉管炎等）、各种神经痛（如三叉神经痛、坐骨神经痛等）、平滑肌痉挛（如胃及十二指肠溃疡、胆道痉挛等），以及眩晕病、眼底疾患、突发性耳聋等均有很好效果。山莨菪作为托品类生物碱的原料开发，已引起高度重视，并发现其地上部分能够提取总生物碱，这为山莨菪的深入开发研究提供的广阔的空间。