一、来源不同
山莨菪碱：由茄科植物山莨菪中提取得到的生物碱，简称654-1，还可以用人工合成方法制得，称为654-2，现基本使用人工合成品654-2。
东莨菪碱：是由洋金花、颠茄、莨菪等植物中提取得到的一种生物碱。
二、分子结构不同
山莨菪碱：山莨菪碱结构中醇部分在 6位有一个β－ 取向的羟基，使山莨菪碱分子极性增强，难以通过血脑屏障，中枢作用很弱，极少引起中枢兴奋症状。
东莨菪碱：东莨菪碱的醇部分在 6，7 位间有一个 β－ 取向的氧桥基团，这使东莨菪碱的脂溶性增强，易进入中枢神经系统，是莨菪生物碱中中枢作用最强的药物。
由于两者结构不同，导致其作用部位的不同。东莨菪碱主要作用于中枢，治疗中枢功能障碍，易进入血脑屏障和胎盘屏障。山莨菪碱主要作用于外周，治疗外周的痉挛。正是由于山莨菪碱和东莨菪碱结构上的差异以及作用部位的不同，表现在药理作用和适应症上，两者也有不同之处。
三、药理作用不同
山莨菪碱作用与阿托品相似或稍弱。654-1与654-2的作用与用途基本相同，只是后者的不良反应略大。可解除平滑肌痉挛、血管痉挛（尤其是微血管），改善微循环，同时有解痉阵痛作用。但扩瞳和抑制腺体（如唾液腺）分泌作用较弱，且极少引起中枢兴奋症状。
东莨菪碱为外周抗胆碱药，其外周作用与阿托品相似，对肠道平滑肌的解痉作用较强，其散瞳及抑制腺体分泌作用比阿托品强，对呼吸中枢具兴奋作用，但对大脑皮质有明显的抑制作用，还有扩张毛细血管、改善微循环以及抗晕船、晕车等作用。
四、适应症不同
1、山莨菪碱用于
① 感染性中毒休克，如暴发型流行性脑脊髓膜炎、中毒性痢疾等（需与抗菌药合用）。
② 血管痉挛和栓塞引起的循环障碍：脑血栓、脑栓塞、瘫痪、脑血管痉挛、血管神经性头痛、血栓闭塞性脉管炎等。
③ 各种神经痛：三叉神经痛、坐骨神经痛等。
④ 解除平滑肌痉挛、胃肠绞痛、胆道痉挛等。
⑤ 有机磷中毒，但效果不如阿托品。
⑥ 眩晕病。
⑦ 眼底疾患：如中心性浆液性脉络膜视网膜病变、视网膜色素变性、视网膜动脉血栓等。
2、东莨菪碱用于
① 胃肠道痉挛、胆绞痛、肾绞痛、胃肠道蠕动亢进。
② 胃肠道内镜检查的术前准备、内镜逆行胰胆管造影等，以减少肠道蠕动。
③用于全身麻醉前给药、晕动病、帕金森病、狂躁性精神病、有机磷中毒。
参考资料来源：百度百科-山莨菪碱
参考资料来源：百度百科-东莨菪碱
不同点：前者不易透过中枢，而后者极性较大，易透过中枢，所以在临床上东莨菪碱常用作麻醉前给药。本回答被提问者采纳