1、显存大小不同。
GTX1060的6G显卡显存大小比3G的显卡显存大一倍。
2、使用效果。
大显存可以更好的玩偏大型游戏，有效的减少以为显存不足造成的卡顿，并且对一些新游戏支持更好，不会在短时间内被淘汰。
3、价格不同。
从市场价格来看，GTX1060的6G独显比3G版本大约是贵了500元左右，其实GTX1060的3G独显也能够带动目前的一些主流游戏了，只不过相比GTX1060的6G版本其FPS会稍微差一点。
4、核心不同。
6GB版用的是GP106-400核心，而3GB版用的是GP106-300核心，最突出的改变就是SM单元从10组减少到9组，GUDA单元从1280个下降到1152个，显存位宽是基本保持不变。
显存大小不同，核心上也不同。GTX 1060 6GB版和3GB版用的是不同的核心，6GB版用的是GP106-400核心，而3GB版用的是GP106-300核心，最明显的改变就是SM单元从10组减少到9组，GUDA单元从1280个下降到1152个，显存位宽保持不变依然是192bit。由于GPU规格的变化，GTX 1060 3GB版会比6GB版有一定的性能下降。
相比高高在上的GTX 1080/1070来说，GTX
1060的定位要低不少，但依然会继承Pascal架构的全部技术特性，只是核心规模缩小了一些而已。具体来说，GTX
1060采用的是全新的GP106核心，拥有1280个CUDA单元，106个纹理单元，48个光栅单元，192bit显存位宽，6GB GDDR5显存，核心频率1506MHz，Boost频率1709MHz，等效显存频率8GHz。
由于这是GP-106核心阉割而来，而且阉割的数字也比较零丁，从原来的1280削减为1152个，显存从6GB阉割为3GB，因此同频下3GB版性能理论上会有6GB版的85~90%（只说1080P性能，反正即使是6GB版的1060也跑不动4K）。
GTX1060 3GB和6GB版本，主要就是显存和流处理器差异，至于显存频率和核心频率，这是看第三方显卡厂商的水平来调整的，这也是厂商唯一可以做文章之处，不同品牌的型号频率会有所不同，不过顶到天也就相差两三百M，也就是说任何品牌型号性能差异不大。