长江中下游流域的水污染防治工作旨在遵循邓小平理论和“三个代表”重要思想，深入践行科学发展观。核心目标是通过转变经济发展模式，确保胡锦涛总书记提出的“让江河湖泊休养生息”理念得以实现。规划强调优化产业结构和产业布局，以骨干工程为依托，创新机制，综合采用工程、技术和生态手段，提升流域及近岸海域的水污染治理和环境监管能力。
基本原则包括分区控制，针对不同区域的特点，划分控制区，重点关注长江干流饮用水水源地保护、洞庭湖工业结构调整、汉江水污染治理、鄱阳湖水生态保障和长江口水质恢复。统筹规划，既关注工业和城镇生活源污染，也重视农村面源污染治理，同时推进清洁生产和循环经济，严格环境准入，优化重污染行业布局。
海陆兼顾，河海统筹，关注长江口及近岸海域的防治，从源头控制陆源污染物，实施海洋污染防治工程，提升海洋生态修复。政府在规划中扮演引导角色，各级政府和企业共同承担起环境保护责任，确保稳定达标排放。
总体目标是实现产业结构优化，污染治理深化，污染物排放减少，水环境管理水平提高，重金属污染得到控制，饮用水水源地水质稳定，重点湖泊水库富营养化趋势得到遏制，长江口海域富营养化程度降低，近岸海域环境质量提升，生态安全水平提高。
具体水质目标设定为48个考核断面中，达到Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ类水质的比例分别为15%、20%、7%、6%，近岸海域和海洋功能区水质达标率超过40%，近岸海域生态安全得到保障。
2011年9月12日，环境保护部、国家发展和改革委员会、财政部、住房和城乡建设部、水利部以环发〔2011〕100号印发《长江中下游流域水污染防治规划（2011-2015年）》。该《规划》分流域水污染防治现状，指导思想、基本原则及规划目标，规划任务，规划项目与投资估算4章。规划任务：加强饮用水水源地保护，提高工业污染防控水平，推进污水治理设施稳定运营，控制船舶流动源污染，加强水生生物资源养护，强化洞庭湖和鄱阳湖生态安全体系建设，加强长江口及近岸海域污染防治及生态建设。