（一）分区控制，突出重点
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（二）统筹规划，综合防治
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（三）海陆兼顾，河海统筹
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（四）政府引导，明确责任
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三、规划目标
（一）总体目标
到 2015 年，城镇集中式地表水饮用水水源地水质稳定达到功能要求；跨省界断面、污染严重的城市水体和支流水环境质量明显改善，重点湖泊富营养化程度有所减轻，水功能区达标率进一步提高；滇池湖体水生态系统明显改善；辽河流域率先由污染治理转入生态恢复阶段；主要水污染物排放总量和入河总量持续削减；水环境监测、预警与应急能力显著提高。
（二）水质目标
到 2015 年，按照《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）评价，重点流域总体水质由中度污染改善到轻度污染，Ⅰ-Ⅲ类水质断面比例提高5 个百分点，劣Ⅴ类水质断面比例降低8 个百分点。松花江流域总体水质由轻度污染改善到良好；淮河流域总体水质在轻度污染基础上有所改善；海河流域重度污染程度有所缓解；辽河流域、黄河中上游流域总体水质由中度污染改善到轻度污染；太湖湖体维持轻度富营养化水平并有所减轻；巢湖湖体维持轻度富营养水平并有所减轻；滇池重度富营养化水平改善到中度富营养化水平，力争达到轻度富营养化水平；三峡库区及其上游流域总体水质保持良好；丹江口库区及上游流域总体水质保持为优。其中：
松花江、第二松花江、嫩江干流水质稳定达到Ⅲ类；阿什河、伊通河等重污染支流水质基本消除劣Ⅴ类；野生鱼类种群数量进一步增加，湿地生物多样性逐步恢复。
淮河干流水质稳定达到Ⅲ类；南水北调东线输水干线水质到2012 年年底达到Ⅲ类；贾鲁河、清潩河、泉河、颍河、惠济河、涡河、新濉河、奎河等主要支流水质基本消除劣Ⅴ类；主要入海河流水质有所改善。
海河干流水质达到Ⅴ类；滦河、沙河、黎河、唐河、淇河等河流水质稳定达到Ⅲ类；北运河、大石河、卫河、小清河、饮马河、永定新河等河流水质基本达到Ⅴ类；主要入海河流水质有所改善。
辽河干流水质基本达到Ⅳ类，重点支流水质全面消除劣Ⅴ类；大辽河干流水质稳定达到Ⅴ类，浑河、太子河等支流水质明显改善；主要入海河流水质有所改善；辽河保护区水生态显著恢复，湿地生态系统全面恢复，鱼类种数由10 种以下恢复至30 种以上，湿地栖息地鸟类提高至30 种以上。
黄河干流水质稳定达到Ⅲ类；湟水河、乌梁素海总排干、大黑河、渭河、伊洛河等主要支流水质基本消除劣Ⅴ类；汾河、涑水河劣Ⅴ类断面水质显著改善。
太湖湖体总氮、总磷浓度在2010 年的水平上有所降低，其它指标达到Ⅲ类；主要入湖河流水质稳定达到Ⅲ类，总氮浓度有所降低。
巢湖西半湖总磷、总氮浓度在2010 年水平上分别下降6%和8%以上，其它指标达到Ⅳ类；东半湖总磷、总氮浓度维持2010年水平，其它指标达到Ⅲ类；环湖河流水质基本消除劣Ⅴ类。
滇池草海湖体水质明显改善，基本达到Ⅴ类；外海湖体水质基本达到Ⅳ类；湖体消除由大规模水华爆发引起的水体黑臭现象；主要河流水质基本消除劣Ⅴ类；松华坝水库水质稳定达到Ⅱ类，宝象河水库、柴河水库、大河水库、自卫村水库、双龙水库及洛武河水库水质稳定达到Ⅲ类。
三峡库区干流水质稳定达到Ⅱ类，库区主要支流水质达到Ⅲ类；库区50%以上的支流营养状态控制在中度富营养；影响区和上游区长江干流水质稳定达到Ⅱ类，主要支流水质达到或优于Ⅲ类；水生态安全状况有所改善，重要生态保护区水生态服务功能稳定维持良好。
丹江口水库水质稳定达到Ⅱ类（总氮保持稳定）；直接汇入丹江口水库的各主要支流水质不低于Ⅲ类，入库河流全部达到水功能区目标要求；汉江干流省界断面水质达到Ⅱ类。
（三）总量控制目标
到 2015 年，重点流域化学需氧量排放量控制在1292.5 万吨，比2010 年削减9.7%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在585.2 万吨和707.3 万吨，比2010 年分别削减9.9%和9.5%；氨氮排放量控制在120.7 万吨，比2010 年削减11.3%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在80.3 万吨和40.4 万吨，比2010 年分别削减12.1%和9.9%。其中：
松花江流域化学需氧量排放量控制在193.2 万吨，比2010年削减9.5%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在60.1万吨和133.1 万吨，比2010 年分别削减9.9%和9.4%。氨氮排放量控制在11.8 万吨，比2010 年削减10.9%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在7.7 万吨和4.1 万吨，比2010 年分别削减11.5%和9.8%。
淮河流域化学需氧量排放量控制在246.2 万吨，比2010 年削减11.2%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在116.8万吨和129.4 万吨，比2010 年分别削减12.6%和10.0%。氨氮排放量控制在26.6 万吨，比2010 年削减12.0%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在16.0 万吨和10.6 万吨，比2010年分别削减13.2%和10.3%。
海河流域化学需氧量排放量控制在275.2 万吨，比2010 年削减10.3%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在100.0万吨和175.2 万吨，比2010 年分别削减10.9%和10.0%。氨氮排放量控制在23.8 万吨，比2010 年削减11.5%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在15.1 万吨和8.7 万吨，比2010 年分别削减12.3%和10.3%。
辽河流域化学需氧量排放量控制在121.0 万吨，比2010 年削减11.5%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在34.2万吨和86.8 万吨，比2010 年分别削减12.1%和11.2%。氨氮排放量控制在9.0 万吨，比2010 年削减14.2%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在5.8 万吨和3.2 万吨，比2010 年分别削减14.5%和13.4%。
黄河中上游流域化学需氧量排放量控制在179.5 万吨，比2010 年削减8.1%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在100.6 万吨和78.9 万吨，比2010 年分别削减9.1%和6.9%。氨氮排放量控制在16.4 万吨，比2010 年削减11.8%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在13.1 万吨和3.3 万吨，比2010 年分别削减12.3%和10.4%。
太湖流域化学需氧量排放量控制在33.9 万吨，比2010 年削减12.0%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在23.0万吨和10.9 万吨，比2010 年分别削减12.3%和8.5%。氨氮排放量控制在5.2 万吨，比2010 年削减11.6%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在3.9 万吨和1.3 万吨，比2010 年分别13削减12.5%和5.8%。
巢湖流域化学需氧量排放量控制在14.3 万吨，比2010 年削减8.9%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在8.3 万吨和6.0 万吨，比2010 年分别削减8.4%和14.7%。氨氮排放量控制在2.3 万吨，比2010 年削减11.5%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在1.9 万吨和0.4 万吨，比2010 年分别削减12.9%和9.1%。总氮和总磷排放量分别控制在2.9 万吨和2265 吨，比2010 年削减10.4%和18.0%。
滇池流域化学需氧量排放量控制在1.82 万吨，比2010 年削减9.9%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在1.50 万吨和0.32 万吨，比2010 年分别削减10.0%和9.7%。氨氮排放量控制在0.49 万吨，比2010 年削减9.3%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在0.44 万吨和0.05 万吨，比2010 年分别削减10.2%和0.0%。总氮和总磷排放量分别控制在0.52 万吨和346 吨，比2010 年削减10.0%和9.9%。
三峡库区及其上游流域化学需氧量排放量控制在209.7 万吨，比2010 年削减7.2%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在129.9 万吨和79.8 万吨，比2010 年分别削减6.5%和8.3%。氨氮排放量控制在22.7 万吨，比2010 年削减9.0%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在14.9 万吨和7.8 万吨，比2010 年分别削减9.7%和7.8%。
丹江口库区及上游流域化学需氧量排放量控制在17.8 万吨，比2010 年削减8.3%，其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在10.8 万吨和7.0 万吨，比2010 年分别削减8.4%和8.0%。氨氮排放量控制在2.44 万吨，比2010 年削减10.6%；其中工业和生活源、农业源排放量分别控制在1.51 万吨和0.93 万吨，比2010 年分别削减11.2%和9.7%。 建立流域-控制区-控制单元分区管理体系。流域层面重点统筹水污染防治的宏观布局，明确流域水污染防治重点和方向，协调流域内上下游、左右岸各行政区的防治工作。控制区、控制单元落实地方政府水污染防治目标、任务、项目和措施。优先控制单元按照水质维护型、水质改善型和风险防范型3 种类型实施分类指导，着力抓好项目实施，切实解决突出的水环境问题。
松花江流域要加大哈尔滨、长春、吉林、大庆、齐齐哈尔、佳木斯、牡丹江、双鸭山等8 个城市水污染防治力度，重点改善阿什河、伊通河、辉发河、牡丹江、安邦河、倭肯河等6 条支流水质，提高环境风险防范水平，逐步恢复流域水生态，确保松花江入黑龙江断面水质稳定达标。
淮河流域要着力加强郑州、开封、周口、漯河、许昌、淮南、蚌埠、亳州、济宁、枣庄、菏泽、徐州、淮安、扬州等14 个城市水污染防治，重点改善贾鲁河、清潩河、黑河、泉河、颍河、惠济河、涡河、包河、浍河、沱河、奎河等11 条重要支流及新沭河、新沂河、淮河入海水道、苏北灌溉总渠等4 条主要入海河流水质，维护洪泽湖水生态，确保淮河干流和南水北调东线水质稳定达标。
海河流域要节水、增流与减污并重，优先保障密云水库、于桥水库、黄壁庄水库、潘家口水库、大黑汀水库等饮用水水源地水质；改善北京、天津、石家庄、邯郸、邢台、衡水、新乡、鹤壁、濮阳、德州、聊城、济南、大同、长治等14 个城市水体环境质量；重点改善马颊河（河南-河北-山东）、卫运河（河南-河北-山东）、黎河（河北-天津）、北运河（北京-河北）、滹沱河（山西-河北）、饮马河（内蒙古-山西）等跨省界河流以及德惠新河、永定新河等入海河流水质。
辽河流域要加大沈阳、抚顺、鞍山、本溪、辽阳、四平、辽源、赤峰等8 个城市水污染防治力度，重点改善吉-辽跨省界、辽河盘锦河口区和大辽河营口河口区等敏感区域水质，强化大伙房水库污染阻控和风险防范，有效控制公主岭和铁岭等区域面源污染，恢复辽河保护区水生态，保护近岸海域生态环境。
黄河中上游流域要加大西宁、兰州、银川、石嘴山、巴彦淖尔、包头、呼和浩特、太原、宝鸡、咸阳、西安、渭南、三门峡、洛阳等13 个城市水污染防治力度，强化湟水河、大黑河、汾河、渭河、伊洛河、涑水河、乌梁素海总排干等7 条重污染支流治理，防范黄河干流水环境风险，保障干流水质稳定达标。
巢湖流域西北区域以污染治理为主，显著削减入湖污染物总量；西南区域以污染预防为主，为巢湖提供清水产流；东部区域要防治并重，保障出境河流稳定达到水功能区要求；巢湖湖区要加强生态修复，削减总磷污染负荷，减轻富营养化水平。
滇池流域要统筹流域外调水、流域内节水与再生利用、湖体水生态修复等措施，实施牛栏江-滇池补水工程，完善雨污分流管网，加强污水处理厂氮磷深度处理，提高昆明市主城区及安宁市再生水利用率，严格控制东、西、南部非点源入湖污染负荷，加强草海与外海内源污染负荷的削减，提高滇池流域生态系统健康水平。
三峡库区及其上游流域要加大重庆、成都、万州、泸州、德阳、自贡、遵义、毕节、楚雄、宜昌等10 个城市（地区）水污染防治力度；改善普渡河、三岔河、釜溪河、五桥河、临江河、香溪河等7 条支流水质；保持并改善库区上游金沙江、岷江、沱江、嘉陵江、乌江等主要河流水质；加强长江上游生境保护、强化库区消落区分类管理，推进库区生态屏障带建设；强化成渝经济区沿江水源地风险防范；全面加强流域氮、磷污染负荷削减；确保三峡水库水生态安全。
