转录组研究技术主要有的如下：
1、表达序列标签技术：
通过PCR方法检测细胞在特定生理条件下表达的基因。
2、全长转录组测序技术：
能够检测细胞中所有基因的表达情况。
3、表达量分析技术：
主要用于定量分析基因的表达水平，其中qPCR是一种常用的技术。
4、序列比对法：
利用同源序列比对参考基因组上已知的基因的CDS序列来鉴定特定物种的基因。
5、差异表达分析：
通过RT-PCR、qPCR等方法比较两个样本组之间某一特定基因的表达差异。
6、RNA-Seq：
通过高通量测序技术，反映RNA的表达水平。
7、基因表达系列分析技术：
是一种高通量、大规模的基因表达分析技术。
8、微阵列技术：
用于大规模基因组表达谱研究、快速检测基因差异表达。
转录组简介与分类：
转录组简介：
广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。在整体水平上研究细胞中基因转录情况及转录调控规律的学科。从RNA水平研究基因表达情况，特定的细胞、个体、组织在特定状态下转录出所有RNA。
不同生长发育时期不同。与基因组学区别，转录组是在特定的时间特定组织状态下转录出来的，不同的时间状态转录出来的RNA是不同的。转录组学是分子生物学的分支，负责研究在单个细胞，或特定类型的细胞，组织，器官或发育阶段的细胞群内所生产的各类RNA分子的类型和数量。
分类：
真核有参有基因组序列或注释信息可以查询：LncRNA CircRNA (lnc和circ需要参考基因组比对 SmallRNA 全转录组真核无参：SmallRNA原核转录组（需要参考基因组）判断是否有参考基因组，可以在各大数据库里查找，比如NCBI。
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