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转录组测序对rna的要求
正常的
转录组测序
包含小
rna
吗
答:
样品要求:⑴样品纯度要求: total RNA OD值应在1.8至2.2之间;电泳检测28S:18S至少大于1.5
。⑵样品浓度: total RNA浓度不低于400ng/ul;样品总量不低于15ug;最新的样品建库要求降低到1ug,浓度大于50ng/ul即可。⑶请提供total RNA样品具体浓度、体积、制备时间、溶剂名称及物种来源。请同时附上...
什么是
转录组
分析
答:
转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶(oligo-dT)进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序
。相对于传统的芯片杂交平台,转录组测序无需预先针对已知序列设计探针,即可对任意物种的整体转录活动进行检测,提供更精确的数字化信号,更高的检测通量以及更广泛的检测范围,是目前深入研究...
用于
转录组测序的
样品
有什么要求
?
答:
必须新鲜立即冻存
,是为了防止其中的RNA被降解,转录组就是测RNA,室温下放置一段时间基本就废了,就算你送去测,测序公司也会到时候说你的样品不合格
瞬息万变不过
RNA
——
转录组测序
常见问题集锦
答:
A 为保证生物信息分析的统计学意义,
要求每组至少3个重复;为避免个体差异影响结果,推荐每组大于5个重复
。Q 全转录组测序的方案?A 全转录组测序检测的是small RNA,circRNA,lncRNA及mRNA,目的是分析其在细胞中的互作网络关系,检测方案是建两个库(一个是small RNA数据量10M,一个是lncRNA+circRNA+...
科普讲堂 |
RNA
样本提取与判读的方法及常见问题分析
答:
RNA降解程度对各个测序项目的影响 ①
转录组测序
: 降解程度会影响5’ 端的数据质量;② mic
RNA测序
: 由于本身的片段较小,受降解的影响较小;③ 降解组测序: 若受到外源降解,回复给内源性降解,受影响较大;④ lncRNA和circRNA测序: rRNA去除方式建库,样本降解影响小。...
转录组
数据分析
RNA
-seq
答:
RNA-seq(
RNA测序
)是一种先进的
转录组
研究技术,它利用高通量测序平台来直接测量细胞中的RNA分子数量。这种技术能够提供关于基因表达的定量信息,包括未知基因的发现、已知基因的表达水平变化、以及可变剪接事件等。RNA-seq数据分析是一个复杂的过程,主要分为以下步骤:1.数据质量控制:检查原始测序数据的...
RNA
-seq 分析之我见(一)
答:
先说下生物体内
RNA的
大致组成:编码RNA:根据中心法则我们知道,DNA
转录
为mRNA,mRNA通过tRNA翻译为蛋白质,蛋白质行使生命功能,例如呼吸,运动,消化等等。人类只有2万左右个蛋白质编码基因,这些编码基因只占人类全基因组的2%左右。mRNA占细胞RNA总量的2%~5%, tRNA占细胞RNA总量的15%左右。非编码RNA:有...
rna
260比280大于2能用么
答:
RNA260和280的比值在2.0到2.2之间,这个比值常用来评估
RNA的
纯度和完整性。RNA260比280大于2,说明RNA样品中存在一些污染或杂质。在进行反转录PCR等基本实验时,这个差异不会对实验结果产生太大影响,可以使用这样的RNA样品。打算进行
转录组测序
等
对RNA
完整性
要求
更高的实验,选择RNA260比280在2.0到2...
单细胞RNA系列专题之一:单细胞
RNA测序
中质控之重要细节 (下篇)_百度...
答:
核糖体
RNA
占比较高时,可能是因为细胞内出现了较多的RNA降解。在全长单细胞
转录组
中,3’ 偏好性可用于检测细胞内是否存在大量RNA降解。在上图中,我们对细胞中基因的数量、唯一比对率、基因body比对率、spike_detection等绘制分布图,然后剔除不合格细胞,将能够通过上述所有质控标准的细胞保留下来、用于...
转载---[
转录组
] 转录组专题——关于样本重复性问题小技巧
答:
若离群程度很大,对后续差异分析的结果造成了很大的影响,那么可以考虑将该样本剔除,再进行后续差异分析等等。 Tips
转录组测序
通常
要求
设置3个生物学重复样本,如果样本足够多,建议比预期实验设计多送1~2个样本测序,以便后续某个样品与组内其它样本出现离群情况,直接剔除离群样本,省时省力。若测序样本较少,无法剔除...
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