少数学者认为尼人只是被现代人所同化(Smith et al. 2005; Svoboda 2005),这样就不存在“灭绝”的问题,而是类似取代和连续演化这两个极端之间的某种折衷。不过,虽然遗传学研究表明现代人体内也有一定比例的尼人DNA,大多数学者还是把尼安德特人看成是真的灭绝了。多数学者认为尼人灭绝的原因是与解剖学上的现代人的直接或间接的竞争与冲突。
所以这个问题也可以转换成现代人相对于更早或同时期的其他古人类的优势何在,现代人何以能够扩展至全球、迁徙达其他古人类之前去不了的地方,等等。
尼安德特人为什么灭绝不清楚,但恐怕和现代人类的祖先智人脱不开关系,尼安德特人比智人更早走出非洲,它们在40万年就陆陆续续进入今天的欧洲,中亚,以及地中海一带,那么尼安德特人的身体素质强大,它们的骨骼更强壮,脂肪的代谢能力以及肌肉含量都要比智人要强大。
现代人都属于智人这一个物种,智人的定义即解剖学上的现代人。尼安德特人和我们智人是近亲,约70万年前分化。尼安德特人曾雄踞欧亚20万年,为什么在4万年前忽然灭绝?这在学术界至今仍是悬而未决的难题,但已经有很多专家指出,尼人的灭绝和智人走出非洲的扩张有莫大关系。
尼安德特人智人没有淘汰掉猴子和猩猩,因为后两者和智人根本不是一个生态位的,或者说不在同一层次上。而尼安德特人,和4万年前的智人一样,都是生态系统中居于统治地位的。
尼安德特人的灭绝实际上既有外部的原因,也有内部的原因:外因当然就是现代人的竞争、气候的变化导致的猎物的减少;内因则是尼安德特人缺乏迁移和适应能力,再加上尼安德特人大脑结构限制了语言的发展、社交以及思维和感情的进步。正是这些原因造成了尼安德特人在演化和竞争中输给了现代人,并被我们所取代。