成分的区别。
纯净水是通过蒸馏、反渗透等技术来净化原水的，而在去除有害物质的同时，也除去了几乎所有对人体有益的微量元素和矿物质。它是不含任何杂质,无毒无菌,易被人体吸收的含氧活性水。
矿泉水和自来水、纯净水不同，它含有锂、锶、锌、碘、硒等20多种微量元素和矿物质，有的还含有比较丰富的宏量元素，如富含Ga、Mg、K、Na等离子。
饮用方法的区别
纯净水是直接可以饮用的水，无所谓加热或者煮沸，夏天一般凉饮，冬天加热后饮用的多。
矿泉水一般不应加热，可以稍微加温，最好不要煮沸。因为矿泉水含有钙、镁等宏量元素呈较多，有一定硬度，在常温下呈离子状态，加温煮沸后钙、镁等离子易与碳酸根生成水垢析出，所以矿泉水最佳饮用方法是在常温下直接饮用。
优缺点：
纯净水：是以符合生活饮用水水质标准的水为原料，通过离子交换法、蒸馏法等适当的加工方法进行处理，不含任何添加物而可直接饮用的水。
优点：纯净水的优点体现在以下几个方面：溶解度高，与人体细胞亲和力最强，有促进新陈代谢的功效；能消除人体消化系统中的油腻，消除血管上的血脂，降低胆固醇；服药时饮用纯净水有助药物充分溶解、吸收，从而提高疗效，又可使药的残余物及时排出；可滋润皮肤，有利美容，可延缓乙醇的吸收，有解酒作用。用纯净水泡茶，不会有茶垢；用纯净水煮汤、做饭，其味道是自来水无法相比的；用纯净水盥洗可促进新陈代谢，熨衣服、烧开水更不会有结垢的困扰。
缺点：近一段时间有专家指出，纯净水是经过分离过滤的饮用水，一方面滤掉了水中的有害物质，另一方面也滤掉了对人体有益的矿物质和微量元素。儿童和老人身体中钙的需要量30%来自于水，长期喝纯净水的话，这部分钙的来源就没有了；另外食物中的钙比水中的钙吸收要来得慢，低很多。长期饮用纯净水，不仅不能补充钙、锌等微量元素，体内已有的矿物质反而会被纯净水吸收排出体外。
矿泉水：
市面上售卖的矿泉水，不下20种。矿泉水是指源在地下，由自然涌出或人工抽取的天然水源，包含丰富的铁质、钙质、钠和镁。在处理的过程中，矿泉水不加添矿物质、二氧化碳等。除了以物理方式杀菌，不可加氯或其他方式处理水质。此外，必须以自动设备灌装、密封，以免受污染。
一般而言，纯粹从地底涌出，不须人为加工、滤净水质的才可称为“天然矿泉水”，如用人工抽取地下干净水源，适度地经过灭菌处理，即称为“一般矿泉水”。
矿泉水的国际标准
矿泉水如以国际标准论，规定是非常严格的。
一、高度：海拔50至2500公尺为泉水，2500公尺以上才是山泉水。
二、水源：方圆10公里以内不可有水质污染的变因存在。
三、泉水必须自然涌出，经过其他岩层过滤，经化验确实含有丰富天然矿物质。
四、须在产地直接包装，最好封罐也在24小时内完成，以确保罐内无菌，无污染。
五、水质须经10年左右不断检验，以确定矿物质的量，并获得国际水质协会标志后，才能证实其稳定性。
优点：
可以说是适应面最广的水饮料,毕竟其中的微量元素都是身体所需要的,除此之外其纯水的性质可单纯地为身体补充水分,并不添加其他影响身体状况的物质,所以随时随地都可以饮用.性质温和的矿泉水是绝对不会让身体状况变差的!
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/175520508.html?an=0&si=4