不算，生育津贴是由社保中心支付的。年终奖则是公司根据员工一年来的出勤情况，业绩情况以及公司自身经营情况确定。公司可能会一起发，但是两者的性质完全不同。
一、生育津贴扣除年终奖是否合法？
不合法。1、如果用人单位与劳动者签订的合同中约定了年终奖的发放时间、发放金额等，劳动者休产假期间，用人单位扣除劳动者的年终奖是属于一种违法行为，是没有法律依据的，产假期间应按原工资支付。
2、女职工产假期间,停发工资,变化产生生育津贴,对已经参加生育保险的,按照标准的工人平均月薪的用人单位由生育保险基金支付;对未参加生育保险的女职工，产假前由用人单位按照工资标准支付。
二、生育津贴怎么算：生育津贴的领取金额=分娩当月单位平均缴纳工资基数?0x产假天数缴纳工资基数指的社保的缴纳基数，即五险一金的扣除基数。社保缴纳基数是按照上一个社保年度的所有工资收入的月平均值计算的，也就是上一个年度的'平均工资，包括年终奖、津贴、奖金等。生育津贴高于本人工资标准的，用人单位不得克扣，生育津贴低于本人工资标准的，由用人单位补足差额部分。也就是说，按照你的工资和单位平均工资之间的高者发放生育津贴。
举例说明：你所在地区的产假天数为128天，刚顺产一个宝宝，单位员工的上一社保年度月平均工资为8000元，你上一社保年度月工资是1万元，则你能领取的生育津贴金额为：
8000?0x128=34133元，这部分由社保基金支付。
由于你的工资高于单位员工的平均工资，因此超出的部分2000?0x128=8533元由单位支付，总共领取的生育津贴金额为42666元。
需要注意的是，生育津贴是不扣个人所得税的。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第五十四条 用人单位已经缴纳生育保险费的，其职工享受生育保险待遇；职工未就业配偶按照国家规定享受生育医疗费用待遇。所需资金从生育保险基金中支付。生育保险待遇包括生育医疗费用和生育津贴。
第五十六条 职工有下列情形之一的，可以按照国家规定享受生育津贴：
（一）女职工生育享受产假；
（二）享受计划生育手术休假；
（三）法律、法规规定的其他情形。 生育津贴按照职工所在用人单位上年度职工月平均工资计发。
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