根据上述职责，省水利厅设10个内设机构：
（一）办公室
负责机关公文处理、信息宣传、督查督办、政务公开、机要保密、建议提案、史志年鉴、信访、档案、财务和固定资产管理工作；承担厅行政审批受理工作；负责机关内部制度建设。
（二）政策法规处
起草有关地方性水法规、规章草案，负责规范性文件的拟订、备案并监督实施；组织开展有关水利改革与发展的政策研究；指导水利行政许可和行政执法工作，承办厅行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；负责重大水事纠纷的调处。
（三）规划计划处
拟订全省水利发展规划，组织编制流域（区域）水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施，参与省际市际边界水利规划协调；负责水工程建设规划同意书制度的实施；负责全省水利投资计划的综合平衡；拟订省级水利固定资产投资计划；编制、审查大中型水利建设项目建议书、可行性研究报告；负责水利统计工作。
（四）水资源处（省节约用水办公室）
组织实施取水许可、水资源论证、水资源有偿使用制度；组织水资源调查、评价和监测工作；指导水利行业供水、排水、污水处理和再生水利用工作；负责计划用水、节约用水工作；指导水功能区划定、核定水域纳污能力，提出限制排污总量意见并监督实施；指导入河排污口的设置工作；按规定核准饮用水源地设置，指导水生态保护与修复工作，负责地下水的管理和保护；指导水务一体化工作；指导雨洪资源利用的工程建设与管理。
（五）工程管理处
指导全省各类水利工程设施、海堤、水域及其岸线的管理与保护；负责省管河道管理范围内工程建设方案、位置、界限及有关活动的审批，负责长江及河道采砂管理工作；指导城市防洪和水利工程的运行管理；指导江河、湖泊、水库及河口、海岸滩涂的治理和开发；指导水能资源开发工作。
（六）基本建设处（水利工程建设项目稽察办公室）
指导全省水利基本建设管理工作，负责省重点水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理；指导全省水利工程质量监督和建设监理工作，按规定负责水利工程质量检测单位资质管理，拟订全省水利建设工程定额；负责省水利工程建设项目稽察和重点水利工程建设的验收。
（七）农村水利处（省水土保持办公室）
编制全省农村水利发展规划，拟订农村水利发展政策；组织协调农田水利基本建设，指导节水灌溉、乡镇供排水、河道疏浚整治、农村饮水安全等工程建设与管理工作；指导农村水利社会化服务体系建设；指导全省水土保持工作，组织编制水土保持规划并监督实施；负责水土流失监测、预报并公告；负责省重大建设项目水土保持方案的审批、监督实施及水土保持设施的验收工作。
（八）科技与对外合作处
组织编制水利科技、水利信息化发展规划；负责水利科技项目和科技成果管理工作，组织重大水利科学技术研究、技术引进和成果推广；组织制定水利行业省级技术标准、规程规范并监督实施；指导水利科技和水利信息化工作；负责水利行业对外合作与交流工作。
（九）财务审计处
指导水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制省级水利部门预算并监督执行；负责省级水利资金的使用及监督管理；指导水利行业国有资产的监督管理工作；负责厅属单位财务管理、内部审计和领导干部的任期经济责任审计工作。
（十）人事处
负责机关并指导直属单位的机构编制、人事管理、教育培训、劳动工资、队伍建设等工作；组织指导水利行业专业技术职务评聘及专家工作；指导水利行业职工队伍建设；指导全省水利系统安全生产工作。
机关党委 负责机关和直属单位的党群工作。
离退休干部处 负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
省水利工程移民办公室 指导全省水利工程移民工作；负责水利工程移民安置规划大纲审批和移民安置规划审核；指导大中型水利工程移民区和安置区的基础设施建设工作；负责移民拆迁安置补偿和移民后期扶持相关规划的实施、监督；承担省水库移民后期扶持工作领导小组办公室日常工作。
