（一）办公厅。负责机关日常运转工作，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。
（二）规划计划司。拟订水利战略规划，组织编制重大水利综合规划、专业规划和专项规划，审核重大水利建设项目建议书、可行性研究报告和初步设计。组织指导有关防洪论证工作。指导水工程建设项目合规性审查工作。组织实施中央水利建设投资计划，承担水利统计工作。
（三）政策法规司。起草水利法律法规草案和部门规章，研究拟订水利工作的政策并监督实施。指导水利行政许可工作并监督检查。承办部行政应诉、行政复议和行政赔偿工作。组织指导水政监察和水行政执法，协调跨省、自治区、直辖市水事纠纷，组织查处重大涉水违法事件。
（四）财务司。编制部门预算并组织实施，承担财务管理和资产管理工作。组织提出中央水利财政资金安排建议，并统筹协调项目实施的监督管理和绩效评价。提出有关水利价格、税费、基金、信贷的建议。
（五）人事司。承担机关和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资工作，指导水利行业人才队伍建设。承担水利体制改革的有关工作。
（六）水资源管理司。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导开展水资源有偿使用工作。指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理。
组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作。组织开展水资源调查、评价有关工作，组织编制并发布国家水资源公报。参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作。
（七）全国节约用水办公室。拟订节约用水政策，组织编制并协调实施节约用水规划，组织指导计划用水、节约用水工作。组织实施用水总量控制、用水效率控制、计划用水和定额管理制度。指导和推动节水型社会建设工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。
（八）水利工程建设司。指导水利工程建设管理，制定有关制度并组织实施。组织指导水利工程蓄水安全鉴定和验收，指导大江大河干堤、重要病险水库、重要水闸的除险加固。指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。
（九）运行管理司。指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程，指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。
（十）河湖管理司。指导水域及其岸线的管理和保护，指导重要江河湖泊、河口的开发、治理和保护，指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。监督管理河道采砂工作，指导河道采砂规划和计划的编制，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度。
（十一）水土保持司。承担水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，组织水土流失监测、预报并公告，审核大中型开发建设项目水土保持方案并监督实施。
（十二）农村水利水电司。组织开展大中型灌排工程建设与改造，指导农村饮水安全工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作。
组织拟订农村水能资源开发规划，指导水电农村电气化、农村水电增效扩容改造以及小水电代燃料等农村水能资源开发工作。指导农村水利社会化服务体系建设。承担协调牧区水利工作。
（十三）水库移民司。承担水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，审核大中型水利工程移民安置规划，组织开展新增水库移民后期扶持人口核定，协调推动对口支援工作。
（十四）监督司。督促检查水利重大政策、决策部署和重点工作的贯彻落实情况。组织实施水利工程质量和安全监督。指导水利行业安全生产工作，指导水库、水电站大坝及农村水电站的安全监管。
（十五）水旱灾害防御司。组织编制洪水干旱防治规划和防护标准、重要江河湖泊和重要水工程的防御洪水抗御旱灾调度以及应急水量调度方案并组织实施。
承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。
（十六）水文司。组织指导全国水文工作，负责水文水资源（含水位、流量、水质等要素）监测工作，负责国家水文站网建设和管理。组织实施江河湖库和地下水监测。发布水文水资源信息、情报预报。
（十七）三峡工程管理司。组织提出三峡工程运行的有关政策建议，组织指导三峡工程运行调度规程规范编制并监督实施。指导监督三峡工程运行安全。组织三峡工程验收有关工作。承担三峡后续工作规划的组织实施、综合协调和监督管理。
（十八）南水北调工程管理司。协调落实南水北调工程有关重大政策和措施。组织南水北调工程竣工财务决算、审计和工程验收有关工作。制定南水北调年度供水计划并组织调度实施。指导监督工程运行管理工作。组织开展南水北调后续工程前期和建设管理工作。督促指导地方配套工程建设。
（十九）调水管理司。承担跨区域跨流域水资源供需形势分析，指导水资源调度工作并监督实施，组织指导大型调水工程前期工作，指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理等工作。
（二十）国际合作与科技司。承办国际河流有关涉外事务，承办国际合作和外事工作，拟订水利行业技术标准、规程规范并监督实施，组织重大水利科学研究、技术引进和科技推广。
机关党委。负责机关和在京直属单位的党群工作。
离退休干部局。负责离退休干部工作。
扩展资料：
历史沿革：
1958年2月11日，第一届全国人大第五次会议决定撤销电力工业部和水利工业部，设水利电力部。
1979年2月23日，第五届全国人大第六次会议决定撤销水利电力部，分别设水利部和电力工业部。
1982年机构改革将水利部和电力工业部合并设水利电力部。
1988年4月，七届人大一次会议通过了国务院机构改革方案，确定成立水利部。
1988年7月22日，水利部重新组建。
根据第十一届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案和《国务院关于机构设置的通知》(国发〔2008〕11号)，设立水利部，为国务院组成部门。
2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案，将水利部的水资源调查和确权登记管理职责整合，组建中华人民共和国自然资源部。
将水利部的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责整合，组建中华人民共和国生态环境部；将水利部的有关农业投资项目管理职责整合，组建中华人民共和国农业农村部。
将水利部的水旱灾害防治相关职责整合，组建中华人民共和国应急管理部；为优化水利部职责，将国务院三峡工程建设委员会及其办公室、国务院南水北调工程建设委员会及其办公室并入水利部。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国水利部
一、机关司局
办公厅、 规划计划司、 政策法规司 、水资源司（全国节约用水办公室）、财务司 、人事司 、国际合作与科技司 、建设与管理司、水土保持司 、农村水利司 、安全监督司、 国家防汛抗旱总指挥部办公室、直属机关党委、中央纪委监察部驻部纪检组监察局 、离退休干部局 、农村水电及电气化发展局、水库移民开发局 。
二、直属单位
（一）流域机构
1 长江水利委员会 湖北省武汉市解放大道1863号
2 黄河水利委员会 河南省郑州市金水路11号
3 淮河水利委员会 安徽省蚌埠市东海大道3055号
4 海河水利委员会 天津市河东区龙潭路15号
5 珠江水利委员会 广东省广州市天河天寿路80号
6 松辽水利委员会 吉林省长春市解放大路4188号
7 太湖流域管理局 上海市虹口区纪念路480号
（二）在京单位
8 水利部综合事业局 宣武区南线阁58号院
水利部水利风景区建设与管理领导小组办公室 宣武区南线阁58号院
水利部综合开发管理中心宣武区南线阁58号院
水利部水资源管理中心 宣武区南线阁10号
水利部产品质量监督总站宣武区南线阁58号院
水利部科技推广中心 海淀区玉渊潭南路3号水科院C座
水利部人才资源开发中心海淀区复兴路甲一号
水利部国际经济技术合作交流中心 宣武区白广路二条2号
水利部建设与管理总站海淀区复兴路甲一号
水利部水土保持监测中心宣武区南滨河路27号院贵都国际中心A座
水利部水土保持植物开发管理中心 海淀区复兴路甲一号
9 水利部水文局（水利部水利信息中心） 宣武区白广路2条2号
10 水利部南水北调规划设计管理局 海淀区玉渊潭南路3号D座
11 水利部机关服务局 宣武区白广路2条2号
12 水利部水利水电规划设计总院 西城区六铺炕北小街2-1号
13 中国水利水电科学研究院 海淀区复兴路甲一号
14 水利部新闻宣传中心 宣武区白广路2条2号
15 中国水利报社 海淀区玉渊潭南路3号C座
16 中国水利水电出版社 西城区三里河路6号
17 水利部发展研究中心 海淀区玉渊潭南路3号
18 中国灌溉排水发展中心 宣武区广安门南街60号
19 水利部预算执行中心 宣武区白广路2条2号
20 中国水利学会 宣武区白广路2条2号
（三）京外单位
21 南京水利科学研究院 江苏省南京市广州路223号
水利部南京水文水资源研究所 江苏省南京市广州路225号
水利部大坝安全管理中心 江苏省南京市广州路223号
22 国际小水电中心 浙江省杭州市南山路136号
24 中国水利博物馆 浙江省杭州市萧山区水博大道1号
25 小浪底水利枢纽建设管理局 河南省郑州市紫荆山路68号
简介水利部：
中华人民共和国成立于1949年10月。1958年2月11日第一届全国人大第五次会议决定撤销电力工业部和水利工业部，设水利电力部；1979年2月23日第五届全国人大第六次会议决定撤销水利电力部，分别设水利部和电力工业部；1982年机构改革将水利部和电力工业部合并设水利电力部；1988年4月，七届人大一次会议通过了国务院机构改革方案，确定成立水利部。水利部于1988年7月22日重新组建。