1．细菌的生长状态：实验中应密切注视细菌的生长状态和密度，尽量使用对数生长期的细胞（一般通过检测OD600来控制。DH5α菌株 OD600为 0.5 时细胞密度是 5 × 107/ml ）。
2．所有操作均应在无菌条件和冰上进行。
3．经 CaCl2处理的细胞，在低温条件下，一定的时间内
转化率随时间的推移而增加，24小时达到最高，之后转化率再下降（这是由于总的活菌数随时间延长而减少造成的）。
4．化合物及无机离子的影响：在 Ca2+的基础上联合其他二价金属离子（如 Mn2+或 Co2+）、 DMSO 或
还原剂等物质处理细菌，可使转化效率大大提高（ 100-1000 倍）。
5．所使用的器皿必须干净。迹量的去污剂或其它化学物质的存在可能大大降低细菌的转化效率。
6．质粒的大小及构型的影响：用于转化的应主要是超螺旋的 DNA。
7．一定范围内，转化效率与外源 DNA 的浓度呈
正比。