病原菌有两种，均为子囊菌门黑腐皮壳属真菌，主要致病种类为苹果黑腐皮壳菌其无性阶段为壳囊孢属。病原菌形态：病部表面的黑色小粒点为子座，子座分为内子座和外子座。菌丝体在皮层中集结成灰白色菌丝层，后散生青色的颗粒体，渐渐长大呈圆锥形，穿破表皮成为黑色的小瘤状物，即外子座。外子座内含有一个分生孢子器。分生孢子器扁瓶形，直径480～1600微米，高400～960微米，成熟时其内形成几个腔室，各室相通，有一个共同的孔口伸出病皮外，腔室内壁密生分生孢子梗。分生孢子梗无色透明，分枝或不分枝，长短不一，大小为10.5～20.5微米，顶生分生孢子。分生孢子单胞，无色，香蕉形或腊肠形，两端圆，微弯曲，内含油滴，大小为4.0～10.0微米1.8～1.7微米。分生孢子成熟时与胶体物质混合在一起，遇到雨水或相对湿度达60%以上时，胶体物质吸水膨胀，连同孢子自孔口挤出，形成卷须状橘黄色的孢子角。分生孢子器可连续产生分生孢子。
秋季，在外子座的下面或旁边，生成内子座，在病斑上表现为大型点状物。内子座与寄主组织之间有明显的黑色分界线。在内子座中可连生3～14个子囊壳，通常为4～9个。子囊壳球形或烧瓶形，直径320～540微米，具长颈，颈长540～860微米，顶端有孔口。子囊壳内壁上着生子囊层。子囊长椭圆形或纺锤形，一端较宽，顶部钝圆或较平，大小为28～35微米1.0～10.5微米。子囊壁无色，顶部稍厚，内含8个子囊孢子，排列成两行或不规则排列。子囊孢子无色，单胞，腊肠形或香蕉形，大小为7.5～10.0微米1.5～1.8微米，比分生孢子稍大。
在PDA培养基上，腐烂病菌的不同菌株培养特征差异较大。根据PDA上的培养特征和致病力不同可划分为3类：乳白色不产孢弱致病类群、黄褐色强致病类群和灰褐色易产孢弱致病性类群，其中，黄褐色强致病类群最常见。乳白色不产孢类群的菌落初为白色，后期中央乳白色，外围白色，呈放射状，不产生子实体（分生孢子器）。黄褐色类群菌落初为白色，5～6天后菌落背面中心变为黄褐色，边缘黄绿色，10天后菌落整体为黄褐色，其正面为浅黄褐色。部分菌株气生菌丝少，不产生子实体；部分菌株气生菌丝多，且可以产生少量子实体，在培养20天时每皿平均产生18～23个子实体。灰褐色易产孢类群菌落边缘羽毛状，可产生大量灰褐色气生菌丝，菌落初期为白色，后期灰褐色，在培养第五天时就可产生大量子实体（400个）。