中药质量控制技术的革新推动了从传统鉴别方法向指纹体系的转变。指纹图谱，包括化学指纹和基因指纹，能全面反映药材的化学组成和生物特性，对有效成分和遗传物质进行双重控制。早期，如20世纪60年代，通过薄层色谱、紫外光谱、红外光谱等技术对中药进行初步描述，这些原始指纹图谱直观易比，但随着技术进步，高效液相、毛细管电泳等高精度技术的引入，中药指纹图谱研究朝着智能化和联用型发展，为质量评价提供了更多可能性。
紫外光谱指纹图谱利用化合物的紫外吸收差异进行鉴别，通过数学分析消除干扰。红外光谱指纹图谱，作为分子振动转动光谱，通过混合物中不同成分的红外吸收峰的比较，实现药材的鉴定，具有较高的专一性。近红外光谱法（NIRS）则利用非破坏性的特性，通过样本的检测和数学模型建立，进行快速鉴别和定量分析。
荧光光谱虽然不具有明显指纹特征，但因其高灵敏度在中药注射液鉴别和生产工艺控制中有重要作用。色谱指纹图谱，如TLC和GC，分别通过分离和高效分析来实现中药的定性与定量鉴别，TLC尤其在传统鉴别中有广泛应用，而GC对挥发性成分的分析效果显著。
高效液相色谱（HPLC）、高速逆流色谱（HSCCC）和毛细管电泳（CE）等现代技术进一步提升了分离效能和分析效率。多维指纹图谱技术，如HPLC/质谱联用，通过多角度信息互补，对复杂中药制剂提供全面认识，解决了复方制剂质量控制的难题。
此外，X射线衍射法和核磁共振(NMR)指纹图谱通过分子结构信息分析，为药材鉴定提供了稳定和可靠的依据。基因指纹图谱则利用分子生物学技术，如DNA指纹图谱，解决传统鉴别方法难以解决的中药材品种问题。
中药指纹图谱是指某些中药材或中药制剂经适当处理后，采用一定的分析手段，得到的能够标示其化学特征的色谱图或光谱图。 中药指纹图谱是一种综合的，可量化的鉴定手段，它是建立在中药化学成分系统研究的基础上，主要用于评价中药材以及中药制剂半成品质量的真实性、优良性和稳定性。“整体性”和“模糊性”为其显著特点。