法律分析：可以采取下列措施：
1.向所管辖的国土局进行重新勘测的申请。
2.然后到国土局打印了不动产权资料电脑查询结果表，再向公司所属地区的地税局信息管理科递交资料更改登记信息明细。
3.最后在地税前台领取退税申请所需资料表，按照那个准备递交，征收科审核通过即可。
4.另外自己写一份请求查证土地使用权面积的申请，附上《土地使用权证》复印件送当地县国土资源局地籍股，要求核实土地使用证上的面积与实际面积不符，与实际面积计入你的《土地使用权证》。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》 第十一条 农民集体所有的土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权。农民集体所有的土地依法用于非农业建设的，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认建设用地使用权。