通常所讲灵芝实指灵芝的子实体。子实体主要功能是产生孢子，繁殖后代。成熟的子实体由菌盖、菌柄组成，是一个伞形的菇状物，菌盖的上表面呈红褐、红紫、暗紫以至黑色，具有漆状光泽，并具有云状环纹和辐射状皱纹。菌盖呈半圆形或肾形，菌盖的下表面呈淡黄色，有许多细孔。其质地幼时肉质，成熟变干后为木栓质，很轻。从结构上讲，子实体分菌柄和菌伞两部分，灵芝的菌伞在菌柄顶端一侧发育，菌柄位于菌伞的一侧。这是一种很别致的形状，据《本草纲目》记载，“芝”字就是根据灵芝的形状而产生的，因为菌伞位于菌柄一侧，菌柄又经常弯曲，从侧面看会很像“之”字，为了与原有的“之”字相区别，在“之”字上部加草成为“芝”。
灵芝菌柄呈不规则的圆柱形，侧生或偏生，有时还具有分枝，整个菌柄都呈紫红色，但以向光的一侧较深，菌柄也具有漆状光泽。人工栽培时，菌柄越接近营养基物处越浅。菌柄的粗细与长短随环境条件而变化，营养不足，菌柄可发育得很细，反之，在营养充足的基物上生长的子实体菌柄很粗。在通气良好的条件下，菌柄发育得很短，在氧气不足、二氧化碳浓度较大的条件下，菌柄发育细长。