灵芝孢子、菌丝体和子实体是其生长的不同阶段，孢子似植物的种子，种子萌发后长出菌丝，而子实体则是灵芝的果实，也可称为担子果。从《神农本草经》到《中华人民共和国药典》所叙述的灵芝均是指灵芝子实体。 灵芝子实体是一伞形的菇状物，呈紫红色或棕红色。其质地幼时为肉质，成熟变干后为木栓质。子实体由菌盖（菌伞）和菌柄构成。灵芝的菌伞多在菌柄顶端一侧发育，菌柄位于菌伞的一侧。
灵芝菌柄呈不规则圆柱形，有时稍扁且有些弯曲，生长中的两个菌柄一旦接触就很容易长合成为一个粗的菌柄。菌柄呈紫红色，向光的一侧颜色较深。菌柄的粗细、长短随生长环境条件改变。营养充足时，菌柄发育较粗，反之，发育较细。在通气良好的条件下，菌柄发育得很短，在氧气不足、二氧化碳浓度大时，菌柄发育细长。 灵芝子实体的菌盖和菌柄的内部结构是相似的，但菌柄无菌管层，它们的微细结构如下：
1、皮壳层：有三层构成：
（1）外层是由许多排列紧密、比较粗的菌丝组成。菌丝的尖端向外平行排列成棚状，与菌盖垂直，细胞壁较厚，细胞内充满树脂质及色素，构成盖面的颜色及油漆状的光泽。
（2）中层是由粗大的厚壁菌丝交织排列而成。菌丝内部有棕红色的树脂质，可使菌盖呈现颜色。盖面颜色呈紫红色的子实体，其中层较厚。发育不够正常、盖面颜色较浅的子实体，其中层较薄。
（3）内层是由一些不含有树脂质或色素的菌丝交织组成。其细胞壁也比较厚，是皮壳到菌肉的过渡带。
2、菌肉层：有一些液泡体积较大的菌丝交织组成，由于这些菌丝排列松散，稀疏地交织在一起，间隙较大，使菌肉呈现出木栓质的特征。
3、菌管层：由许多平行排列的管状结构组成。菌管壁是由许多菌丝平行排列而成。这些菌丝末端皆膨胀如大茄梨形——担子。担子壁很薄，细胞质稠密，内含两个细胞核。随着子实体的生长，担子也逐渐成熟；担子内的两个细胞核相互融合成一个核，完成核配，继而连续两次有丝分裂，完成减数分裂，产生四个子细胞核。同时，担子的游离端产生四个小突起，并稍延长，即担子小梗。担子小梗成锥体状，顶端尖，在这个尖顶处又膨大产生一个卵圆形的担孢子。当担孢子发育成熟后，在担孢子与担子小梗顶尖出产生一个液泡；液泡吸水膨胀至破裂，担孢子则被液泡破裂时产生的机械力量弹射到菌管的空腔中，并分散出去。 人工栽培灵芝是将从灵芝子实体中分离出的菌丝直接接种到原木或其他培养基上，再进一步生长发育成子实体。
由于野生灵芝是生长在树木上的，因此就有人工原木栽培灵芝子实体的方法。因为森林资源保护问题，于是发展了代料栽培，也叫做袋栽法，即用一些植物和农作物的下脚料装在特制的塑料袋中，来代替原木、段木栽培灵芝子实体。
灵芝子实体的人工栽培主要分两个阶段：第一阶段是选择优良菌种和扩大培养菌种，菌种的扩大培养是将少量菌种繁殖扩大到栽培子实体时所需要的菌种数量。第二阶段是子实体栽培，即将菌种接种到人工培养基上，在一定条件下进行培养，直至子实体生长发育、成熟并采收。
袋栽法
是在聚乙烯或聚丙烯塑料袋中装入培养基，如玉米秸、棉籽壳、菌草、木屑、甘蔗 渣、麦麸、糖、石膏粉、糖酸钙等原料，经过高压火常压灭菌，再接种上灵芝菌种。灵芝菌种在培养基中萌发出菌丝，并长满了培养基。在合适的温度、湿度、光照等条件下，会长出灵芝实体。但袋栽种植的灵芝生长周期短，约15—25天，功效相对于原木栽培的灵芝差，而且袋栽的方法容易使栽培出来的灵芝带有农药或化肥残余。
柞木灵芝栽培法
是将灵芝菌种接重在灭过菌的柞木上，待灵芝菌丝体长满柞木后，在合适的环境条件下，便可以长出灵芝子实体。原木灵芝栽培法更接近灵芝的天然生长环境，生长时间要比袋栽灵芝生长时间长，所获的灵芝子实体药效更高。20世纪80年代后期，长白山灵芝采用原木栽培方法，选用长白山丰富的柞木资源作为灵芝的培养基，灵芝生长周期达到120天，所含灵芝有效成分极其丰富，有“道地灵芝”之称。
无论袋栽灵芝或原木栽培灵芝，在菌丝长满基质后，都将菌袋或原木埋入地下，这样有助于保持温度，有利于灵芝子实体的生长。因此，所选择的埋土场地，其土质、水质的好坏，特别是农药和重金属含量超标。袋栽灵芝的培养基，如未严格检验，有时也会有一些对人体有害的物质，这些物质也会残留在灵芝子实体中队人体造成危害。
因此，要得到优质的灵芝首先要培育出优良的菌种，其次要选择合格的培养菌丝及栽培子实体的场地，要对栽培灵芝的原木或代料、水质、土质都进行严格检查，控制温度、湿度、光照等栽培条件。 子实体是父实体的特例，类似于面向对象编程的继承关系，比如硕士研究生和本科生是学生的子实体。
