十二小时工作制两班倒应该订立普通的劳动合同，超过8小时的，应当算加班，加班期间用人单位应当支付加班费。
工作日加班费的计算方式:月工资÷21.75÷8×加班小时数×1.5倍;
双休日加班费的计算方式：月工资÷21.75÷8×加班小时数×2倍；
法定节假日加班费的计算方式：月工资÷21.75÷8×加班小时数×3倍。
一、《劳动法》第四十四条 有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
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相关案例：
台海网2017年4月28日讯公司实行不定时工作制，劳动者每天工作12小时，不主张加班费。
昨日，集美区人民法院发布了这样一起劳动争议纠纷案件。法院判决认为，该岗位实行“不定时工作制”，被告公司不必支付平时的加班工资，但应支付法定节假日的加班费。
被告是厦门一家物业公司，该公司经厦门市人力资源和社会保障局许可，对车库秩序维护员实行不定时工作制。
一年多前，阿强入职该物业公司，工作岗位为维序员，实行不定时工作制度和计时工资制，加班加点工资的计算基数为1500元。平时，阿强早班时间为8点至20点，晚班时间为20点至次日8点，每周休息一天。
阿强入职后，2015年9月3日、9月27日、10月1日、10月2日、10月3日的国家法定节假日，阿强均有上班。
后来，阿强向公司提出书面辞职，物业公司为阿强发放工资至当月，并支付9、10月份节假日加班费。
随后，阿强申请劳动仲裁，经裁决：物业公司应支付阿强从2015年8月至11月期间的加班工资差额452.28元。
阿强不服仲裁，又向法院起诉。阿强认为，劳动合同虽约定实行不定时工作制，但实际却是“标准工时制”，公司严格要求其固定时间打卡上下班，公司已不能再行使免于支付其除法定节假以外、延长工作时间报酬的权利。现公司以虚假的“实行不定时工作制”条款为由，拒绝支付其加班工资的行为，并不公平。
因此，阿强请求判决撤销劳动合同中“实行不定时工作制度”条款，并要求公司支付加班工资差额10407元。
集美法院审理认为，物业公司经许可对秩序维护员岗位实行不定时工作制，阿强本人也在《员工本人同意企业实行不定时工作制签名表》上签了名。因此，阿强关于撤销劳动合同中“实行不定时工作制度”条款的要求，法院不予支持。不过，阿强在法定节假日上班，物业公司应按规定支付其相应的工资报酬。
近日，法院一审判决认定，扣除物业公司已支付的加班工资，物业公司还应再支付阿强加班工资差额452.28元。
法官说法
单位实行不定时工作制也要付法定假日加班费
法官介绍，依照《厦门市企业工资支付条例》规定：“经劳动和社会保障行政部门批准实行不定时工作制的劳动者，用人单位安排其在法定休假日工作的，应当按照本条例第十五条第（三）项规定（即安排劳动者在法定休假日工作的，按照不低于劳动者本人日工资或者小时工资的百分之三百支付工资报酬）支付工资报酬。”
因此，对实行不定时工作制的劳动者主张法定休假日加班费，法院应予支持，而主张平时的加班工资则不予支持。