明代中前期，由于得到统治者的扶持，宋代的画院制度在某种程度上得以复兴，供职于宫廷的画家的绘画风格被时人所推重，其代表是浙江地区的戴进（1388～1462年）、吴伟（1459～1508年）和他们的追随者所形成的一个松散的画派——“浙派”。在苏州则涌现出诸如沈周（1427～1509年）这样杰出的文人画家，他发展了历史上强调个人文化修养的业余绘画观念，成为所谓“吴派”的开创者。大约到了16世纪初期，浙派已经迅速衰落，那种工谨富丽而带有装饰性的风格退化为种种呆板的程式与陈陈相因的暮气，有些画家比如张路、蒋嵩等人，企图通过极端的狂、怪造型和夸张的颤动线条，为这种匮乏注入一些生机，但虚张声势的豪放和空洞无物的矫情，与戴、吴相比，优劣自现。另一方面，随着一度主宰画坛的文征明（1470～1559年）的去世，业余的文人画家们笔下的文人画逐渐沦为某种“墨戏”。他们缺少笔墨与造型的训练，而只把注意力集中于难以琢磨的诗意上，其弊病日显，以至于李日华批评说：“今天下画习日谬，率多荒秽空疏，怪幻恍惚，乃至作树无复行次，写石不分背面，动以无格自掩，曰：我存逸气耳。相师成风，不复可挽。”当董其昌在画坛获得影响的时候，他所面对的正是这样一个流派纷呈却混乱不堪的局面：院体画刻板僵化，匠气十足；浙派末流粗陋虚矫，装腔作势；而文人们以余兴作画，虽然在观念上强调意境，但力不从心，导致伪“逸品”泛滥，流毒已深——山水画发展至此，似乎进入了死胡同。董其昌当然对现状不满，于是提出了南北宗的理论。
董其昌的南北宗论表面上看起来并没有直陈时弊，恰恰相反它是以梳理画史的面貌出现的，似乎与现实无关。但董其昌的目的在于树立理想的典范，从而引导人们去学习与欣赏真正高妙的山水画传统，最终摆脱眼前的困境。他在另一段常被提及的话里还说过：“文人之画，自王右丞始。其后董源、巨然、李成、范宽为嫡子，李龙眠、王晋卿、米南宫（芾）及虎儿（米友仁）皆从董、巨得来，直至元四大家黄子久、王叔明、倪元镇、吴仲圭，皆其正传。我朝文（征明）、沈（周），则又远接衣钵。若马、夏及李唐、刘松年，又是大李将军之派，非吾曹所宜学也。”这段话中尽管没有直接出现“南北宗”的字眼，但一望即知，所谓的“文人之画”正是他所认定的南宗，而“非吾曹所宜学”的画家都是北宗。所以，董其昌是以南北宗论倡导有选择地复古，也就是通过临摹效仿他所限定的画家，以达到纯粹的文人画的境界。其实，对于文人画家来说，文人画的理想并不新鲜，但董其昌统一了人们对文人画经典的认识，同时进一步强调了全面修养的重要性：“昔人评赵大年（令穰）画谓得胸中着千卷书更佳。…不行万里路，不读万卷书，看不得杜诗，画道亦尔。马远、夏圭辈不及元四大家，观王叔明、倪云林‘姑苏怀古诗’可知矣。” 批判了那些“目不识一字，不见一古人真迹，而辙师心独创，惟涂抹一山一水，一草一木，即悬之市中，以易斗米”的人。
